图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。 (2)X射线诱导p53直接转录靶标的共同核心集 图2:X辐射诱导一组共有的p53直接转录靶标核心 图2A/B:图1H发现,20个基因在三种组织中均显著上调,且在基因的10 kb范围内至少有一个peak。这20个基因的上调在...
每个组的GO富集分析表明,PeakStart和PeakBoth中含有m6A的基因没有富集项。但是,PeakStop组的m6A相关基因表现出对代谢过程、信号转导和RNA结合通路的高度富集(图3 左)。 鉴定了一系列携带m6A peak的代谢相关基因,发现HrCHS、HrCHI、HrF3H和HrPSY在终止密码子周围含有m6A peak,说明在终止密码子的m6A修饰在类黄酮的...
每个样本共鉴定到1w peak区域,属于3401-5796个基因,在终止密码子周围显著富集,其中两种细胞系每个转录本的平均m6A峰值随着分化而增加。 (2)翻译层面:Ribo-seq结果中reads分布重复性较好,通过计算mRNA翻译表达水平与每个转录本的转录表达水平之比取log 2得到翻译效率(TE)。GSCs与各自DGCs之间的TE比较显示,无论GBM亚型...
图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。 (2)X射线诱导p53直接转录靶标的共同核心集 图2:X辐射诱导一组共有的p53直接转录靶标核心 图2A/B:图1H发现,20个基因在三种组织中均显著上调,且在基因的10 kb范围内至少有一个peak。这20个基因的上调在...
图9 %(IP/Input)和%(IgG/Input)的比值展示MeRIP-qPCR结果 (Zhou et al 2021) 5.2 SELECT法 通过MeRIP-seq得到的差异peak是一个个片段,其分辨率并不是单碱基。上述的MeRIP-qPCR也是对MeRIP-seq获得的差异修饰基因或候选基因进行验证。所以想要检测特定单碱基的m6A修饰水平需要另外的技术,如SELECT法、OCPDIA法、m6...
图1G:对相应组织进行ChIP-seq分析,以确定p53的占据位点。 图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。 (2)X射线诱导p53直接转录靶标的共同核心集 图2:X辐射诱导一组共有的p53直接转录靶标核心 ...
k表示的是结合位点的数量,也就是peak的数量。∆是结合位点与TSS(转录起始位点)之间的精确距离,与100 kb成比例(∆ = 0.1表示精确距离= 10 kb)。4表示的是随着距离增加,调控力衰减的快慢程度的一个常数。从这个公式里我们可以看到,当结合位点和TSS距离最小是0 的时候,调控潜能最大,是e-0.5。随着距离增加,...
然而,肝脏显示出强大的p53靶基因反应 图1E/F:野生型和p53缺失小鼠均未接受或接受2 Gy的X射线照射,进行RNA-seq分析。 图1G:对相应组织进行ChIP-seq分析,以确定p53的占据位点。 图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。
在peak峰值中心300 bp窗口中鉴定新motif,说明miNSC10和SCR029细胞都富集了类似的属于多个TF家族的TF结合motif,TF家族包括Sox、bHLH (Ebox)、Pou3f、homeobox、Nfi和Rfx(图8c)。相应地,RNA-seq数据显示,与MEF相比,这些TF基因家族的多个成员在miNSC10和SCR029细胞中上调或高表达。qRT-PCR证明,除了Sox2之外,Sox5、6...
图1G:对相应组织进行ChIP-seq分析,以确定p53的占据位点。 图1H/I:整合RNA-seq与ChIP-seq数据,挖掘表达水平显著改变同时也有相关peak的基因,以鉴定真正的p53靶点。 (2)X射线诱导p53直接转录靶标的共同核心集 图2:X辐射诱导一组共有的p53直接转录靶标核心 ...