RNA与蛋白质的相互作用方法也依靠IP,利用一种针对感兴趣的蛋白的抗体来捕获其结合的RNA进行分析(最初是结合微阵列芯片使用)(图6c)。各种RNA与蛋白质相互作用方法之间最明显的区别是互作的RNA和蛋白质是否进行交联以及如何交联:有些方法避免交联(直接IP),另一些方法则使用甲醛进行交联,而另一些方法则使用紫外线(UV)...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子 PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好
整合蛋白质组和RNA-Seq数据,发现了144种线粒体特异性蛋白质重叠。绘制散点图显示,上调和下调的蛋白质/基因在蛋白质和mRNA水平之间分别呈现显著的正相关。作者提取了所有在蛋白质水平或RNA水平上的DEPs,基于MitoCarta3.0中的功能注释,以差异倍数为依据分别在蛋白和mRNA进行PPI网络分析。结果表明PPI网络主要由六个功能簇...
现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译()和RNA结构组(结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学()也在积极研究中。通过结合新兴的三代长读长和技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。
现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译( translatome )和RNA结构组( structurome 结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学( spatialomics )也在积极研究中。通过结合新兴的三代长读长 long-read 和 direct RNA-seq 技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解...
大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有**poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为...
诺禾致源具有丰富的RNA-蛋白质互作组学测序经验，包括但不限于RIP-seq、M6A MeRIP-seq，累计物种包括但...
其次，mRNA要翻译成蛋白质才能发挥作用，而大多数转录组和蛋白组的联合组学文章中，mRNA和蛋白质的相关度...
RNA-seq可以单独用于转录组谱系分析,也可以与其他功能基因组学方法结合使用以增强基因表达分析。最后,RNA-seq可以与不同类型的生化分析方法相结合,分析RNA生物学的许多其他方面,如RNA-蛋白结合、RNA结构或RNA-RNA相互作用。然而,由于本文的重点是“典型”的RNA-seq,因此这些应用超出了本文的范围。