他们最初是用芯片在评估基因表达，但现在他们已经引入了 RNA 测序数据，以获得更为丰富的信息。没有底线的检测芯片检测的动态范围比较窄，在转录本丰度很低的情况下，RNA-seq 才是你正确的选择。Tong 及其同事去年用 Illumina RNA-seq 平台和 Affymetrix 芯片，评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。他们发现，...
基因表达芯片(Microarray)和RNA-seq都是用于分析基因表达的技术,但它们的原理、数据格式和输出结果有所不同。 1. 基因表达芯片(Microarray)数据格式 基因表达芯片技术通过预先设计好的探针(通常是已知基因的DNA序列)与样本中的RNA或cDNA进行杂交,从而检测基因的表达水平。在输出格式上,基因表达芯片通常以表格形式呈现数据。
点击蓝字关注我吧 RNA-array是一种用于检测RNA表达水平的方法,它利用微阵列芯片来实现。RNA-array先将已知基因固定在载体上,然后通过侦测mRNA量来研究基因转录调控、发现新转录本以及比较不同样本之间的差异表…
RNA-seq的转录组分析是无偏好的,可以揭示新剪接点、小RNA以及芯片漏掉的新基因。 “与芯片探针不同,RNA测序不需要预先知道序列信息,”安捷伦科技公司的Kevin Poon说,“因此它是一个理想的研发平台,能够获得转录本序列并在此基础上发现突变和融合转录本。” 改用RNA-seq的研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物...
对芯片仍是情有独钟有时候只是想要对新数据和旧数据进行比较,因为所有的数据以同样的方式获得,比较起来自然更为容易。 精明做法:强强联手,效果翻倍! Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本,然后用这些结果指导RNA-seq。此外,芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成...
尽管RNA-seq有那么多的优点,大家对芯片仍是情有独钟。那是因为,相比较于RNA-seq,芯片技术更加成熟,尤其是样本量比较大的研究。芯片在临床研究中也很吃香,因为它的数据处理又快又简单。芯片能提供高度一致的数据,分析软件也相当成熟。通过分析成百上千的样本,基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片。无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势。 这种方法不需要预先设计的探针,因此数据集是无偏倚的,实现了无假设的实验设计。这种类型的...