RNA-Seq技术,全称RNA测序技术,是一种高通量测序技术,用于分析细胞内转录本(即RNA)的组成和表达情况。这项技术通过测序RNA分子来研究基因表达、转录本的多样性、剪接变异、突变以及其他转录后调控机制。 RNA-Seq技术的工作原理是,首先从生物样本中提取总mRNA,并进行建库和测序。接着,对获得的下机数据进行质量控制,使...
RNA-Seq技术,全称为:RNA sequencing,是通过高通量测序手段,即二代测序技术(NGS),来检测某一特定时间点,生物样品中RNA的表达情况及定量的方法,可以用来研究分析细胞转录组在不同组织样品间基因表达差异情况、在时间轴上不同时间点连续的变化,以及转录本的可变剪切和SNP位点等。除了mRNA转录本信息,RNA-Seq技术可以用来...
RNA-seq,全称转录组测序技术,简单来说就是用高通量测序技术来分析RNA的表达水平。这个技术能告诉你哪些基因在表达,哪些没有,还能告诉你它们表达的水平有多高。RNA测序最常用来分析差异表达基因(DEG),也就是在不同条件下基因表达量的变化。那么,什么是转录组呢?简单来说,转录组就是某个物种或者特定细胞类型在某一...
RNA-seq，全称转录组测序技术，是一种借助高通量测序手段来测定不同RNA分子表达水平的前沿方法。它不仅能揭示mRNA、小RNA以及非编码RNA等多种RNA类型，还为科学家提供了深入研究基因表达多样性的强大工具。作为二代测序领域中最常用的技术之一，RNA-seq因其灵活性和广泛的应用而备受瞩目。然而，传统方法在...
dRNA-seq,全称差异RNA测序,采用了5’单磷酸依赖的外切酶,可以特异性地降解加工过的转录本,从而使初始转录本得到富集。这个方法在原核生物转录起始位点、小的调控RNA、启动子及操纵子等研究中广泛应用。 总结 RNA-seq数据分析涉及多个方面,从基础的转录组分析到复杂的差异表达和功能研究,每一步都需要细致的操作和深入...
1、Robots协议简介 Robots协议的全称即网络爬虫排除标准”(Robots Exclusion Protocol),,网站通过Robots协议告诉搜索引擎(或者网络蜘蛛)可以抓取的页面范围。 robots.txts是一个文本文件,是一个协议,而并非一个命令,其放置在网站的根目录下。robots.txt文件是搜索引擎访问网站时查看的第一个文件,若站点存在r.....
BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,是一种常用的序列比对工具。它的主要任务是通过局部对齐算法,找出两个序列之间的相似性,从而判断它们的同源性。简单来说,就是通过比对找出两个序列之间的“相似度”。 Mapping:将短序列比对到长序列 📏 Mapping,就是将短的reads比对到参考序列上。这个过程就像是“短对...
基本概念 RNA-seq：基于二代测序技术，研究特定细胞在某一功能状态下所有RNA的功能，主要包括mRNA和非编码RNA。能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。Q20,Q30：Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比，其中Phred=-...
SAM 的全称是Sequence Alignment/Map format。而 BAM 就是SAM 的二进制文件(B 取自binary) 。 表达定量相关 TPM :一种表达量归一化方法,主要用于small RNA 分析项目: TPMgene(i) = 10 *readcount9 gene(i) /Libsizegene TMM :一种标准化方法,具体算法: 通常,Mg 值30%,Ag 值5% 。在我们的无重复差异...