RNA-seq作为一种高通量的下一代测序(NGS)技术,已成为在转录组范围内分析差异基因表达和基因调控网络的必不可少的工具。最近,它已被广泛用于研究柳枝,水稻和苜蓿链球菌等植物对各种胁迫(包括镉胁迫)的响应。然而,RNA-seq的局限性(即短读长和扩增偏差)限制了研究人员准确获得全长转录本和mRNA的差异剪接,特别是对于...
RNAseq002 转录组入门(2):数据下载 RNAseq001 转录组入门(1):资源准备 ## sratoolkit ## Download and install sratoolkit ## http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ## http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/ mkdir -p ~/biosoft && cd ~/biosoft mkdir sratoolki...
全基因组关联分析( 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状,即表型,进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。
随着研究的深入,这一领域提出了一个新的概念,即表观转录组学。对表观转录组学的研究使科研人员意识到,丰富的化学修饰改变了RNA的结构,影响其分子互补性,使得其结合特定蛋白,从而产生各种不同的生理作用。 在迄今为止发现的约150种RNA修饰中,m6A修饰是最常见、最保守,也是功能研究较多的RNA表观遗传修饰 ,它普遍存...
Serglycin是椎间盘退变的生物标志物 2024年1月2日,中山大学王建儒及郑召民团队在Nature Communications上发表了研究成果,IF=16.6该研究利用单细胞RNA-seq分析人类髓核组织,生成了一个全面的髓核细胞图谱,结果表明晚期髓核细胞分泌的Serglycin是椎间盘退变的生物标志物。#生信分析 #基因测序 #转录组学 #高通量测序 #...
图:嘉音生物“十万样本ATAC-seq测序计划” 嘉因生物表示,目前公司可以提供以ChIP-seq、MeRIP-Seq、ATAC-seq、单细胞ATAC-seq/单细胞RNA-seq为主的实验服务和生物信息学分析服务。截至目前,该公司已累计完成各类表观遗传学实验2000余例,ATAC-seq和组蛋白修饰的ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率>80%,...