在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客...
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 ...
所以,测序数据与参考序列的比对分析,是RNAseq数据分析关键的一步,通常使用RNA_seQc软件绘制序列比对饼状图。 03 样本reads在参考基因组不同区域的分布图 (展示得到的数据是否来源于基因编码区) 说明:该图显示了每个样本的序列在Exon (外显子)、Intron (内含子)和Intergenic (基因间隔区域)区域的分布,可用于评估实...
如下图横轴顶部的线图,展示了样本的聚类;而下图左侧线图,可以将不同样本中表达模式相同或相似的基因聚为一类,这样的聚类有助于推测未知基因功能或已知基因是否具有新功能。 5 差异基因韦恩图---用于寻找“交集” 韦恩图也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。对于RNAseq来说,至少有三个组别的样本才能绘制韦...
我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中FPKM的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相关性...
目前几乎所有已发布的mRNA-seq数据都是short-read测序所得,所以我们认为这是RNA-seq技术的常规操作,接下来讨论它的主要流程和限制。不过在转录异构体检测的研究(图一;表1)方面,不断进步的long-read cDNA测序和dRNA-seq技术将向short-read测序技术的主导地位发起挑战。 测序技术平台优势劣势重要应用short-read cDNAl...
图1 RNA-Seq筛选到的乙烯生物合成和信号转导相关差异基因相对表达的热图(Li et al., 2022)。 1.2 ATAC-seq ATAC-Seq技术是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶切割DNA序列来检测染色质可及性的方法。通俗地讲,就是Tn5转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA,...
我们先看下该文章模式图,当找到课题切入点(具体解读参考上篇推文)即STING激活剂促进Breg产生免疫抑制之后。接下来问题是,如何展开后续研究,阐明STING刺激Breg导致免疫抑制的分子机制? 为此,本研究针对STING激活剂处理与未处理的B细胞进行了RNA-seq(图a, 左侧)。通过对比,从数千个变化的基因中挑出了IL10、Ebi3和Ifna...
1. 芯片技术须依赖已知的基因组信息,在探索性研究和非模式生物的研究中存在局限性;而RNA-seq在这方面优势明显,它不需要预先设计探针,因此得到的数据集是无偏倚的,实现了无假设的实验设计[1,2],为…
单细胞 RNA-seq 聚类分析:整合 image 目标: 在不同的条件下,比对同一类型的细胞。 挑战: 比对似细胞类型的细胞,这样我们就不会由于样品、条件、形态或批次之间的差异而导致下游聚集。 建议: 先不进行整合,进而来确定是否需要进行整合。 整合还是不整合?