通过geneplotter，研究人员可以轻松地将基因的注释信息添加到生成的图表中，这些信息包括基因的命名、功能、...
使用refGenome加上dplyr玩转gtf文件 不是所有人都像我这样喜欢linux的黑白命令行,但是他们仍然是可以处理NGS数据的,比如最常用的gtf格式的基因组注释文件: library(Rsubread)# 推荐从ENSEMBL上面下载成套的参考基因组fa及基因注释GTF文件dir='~/data/project/release1/Genomes/'## 这个文件有1.4G哦!!!gtf <- file....
if(!require(refGenome)) install.packages("refGenome") # create ensemblGenome object for storing Ensembl genomic annotation data ens <- ensemblGenome() # read GTF file into ensemblGenome object read.gtf(ens,useBasedir =F,gtf) ## 耗时2分钟,取决于电脑配置 class(ens) # counts all annotations on...
if(!require(refGenome)) install.packages("refGenome") # create ensemblGenome object for storing Ensembl genomic annotation data ens <- ensemblGenome() # read GTF file into ensemblGenome object read.gtf(ens,useBasedir =F,gtf) ## 耗时2分钟,取决于电脑配置 class(ens) # counts all annotations on...