RefGene(Reference Gene)是一种用于命名基因的规则和约定。它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发和维护的一套标准,用于对基因进行唯一命名和识别。 RefGene的命名规则主要包括以下几个方面: 1.基因符号(Gene Symbol):每个基因都有一个独特的符号,通常由拉丁字母、阿拉伯数字和下划线组成。基因...
refGene格式 refGene是由UCSC定义的一种用于描述基因结构的注释文件,描述可见UCSC中的GenePred table format。 1. 数据的基本结构 Gene Predictions (Extended) The following definition is used for extended gene prediction tables. In alternative-splicing situations, each transcript has a row in this table. Th...
refGene来自UCSC,搜索UCSC进入官网,点击tools -> table browser选择human物种,版本hg38或hg19无所谓。Track选择NCBI Refseq,Table选择UCSC RefSeq(refGene)。点击旁边的describe table schema就可以看到上图的详细注释结果。 具体每例说明如下: 第1列bin:Indexing field to speed chromosome range queries,index查询作用。
从数据库提取UTR位置 refGene各列的意义如下: bin, name, chrom, strand, transcription start, transcription end, coding start, coding end, num exons, exon starts, exon ends, id, alt.name, coding start status (complete/incomplete), coding end status(complete,incomplete)和 exon frames。例如: 76 ...
pLi.refGene (pLI score): pLI(probability of being loss-of-function intolerant)分数是用来预测一个基因是否对功能丧失(loss-of-function, LoF)变异敏感的指标。高pLI分数(接近1)表示该基因可能无法容忍LoF变异,即LoF变异可能导致疾病。这通常用于评估基因的致病性。
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 以hg38为例,进入terminal,选定文件夹后,运行 得到hg38.refGene.txt...
此外,本发明的实施方式提供了一种基于Spark SQL的RefGene基因库的注释装置。 二、法律状态 法律状态公告日法律状态法律状态信息 - 公开 公开 三、权利要求 暂无信息 四、说明书暂无信息 打开APP,查看更多专利的权利要求、说明书更多专利 同类专利 竞品公司 1一种衣服2一种方便式管道除锈刷3猪舍沼气发生装置4一种...
很差 较差 还行 推荐 力荐 清晰:BD 类型:传奇片 主演:诺拉帕特·维拉潘,雷斯琪,拉里·米勒,城戸千夏,村上冬树 导演:刘维斌,詹路易吉·卡尔代罗内 国家/地区:约旦 时长:72分钟 语言/字幕:未知 年代:2008 更新时间:2024-11-25 12:19 影视/评论:当前有611条评论 ...
refgene指的是参考基因组序列。这是生物信息学中常用来寻找和比较基因组的术语,通常用于与测序数据相比较或找出新发现的基因区域等任务之中。具体到不同的语境中,“RefGene”可能是指由GenBank提供的包含蛋白质编码基因(简称“protein-coding genes”)的注释数据库;也可能是对哺乳动物、鸟类和其他一些动物的整个染色体...