低R-loop评分组下调肿瘤相关抗原(TAA)和主要组织相容性复合物(MHC)分子的表达,但上调恶性细胞中肿瘤相关免疫抑制因子。使用单样本基因集富集分析(ssGSEA),发现低R-loop评分组的免疫原性细胞死亡途径(ICD)得分显着较低,表明免疫原性能力较弱(图3)。 图3 低评分R-loop组中,功能失调的CD4+ 和CD8+ T细胞以及...
由于细胞间相互作用是抗肿瘤疗效的关键因素,研究注释了T 细胞亚型和巨噬细胞,使用单细胞RNA-seq 数据集进行细胞通讯分析R-loop 评分与恶性细胞(如CXCL16 和 CXCL2)的趋化因子水平显著呈正相关(图3A),高R-loop评分明显促进了恶性细胞产生的共刺激分子,包括TNFSF12、ICAM1和TNFRSF14(图3B),同时,R-loop高分细胞...
虽然目前有直接证据显示R-loop本身导致肿瘤发生和进展的研究还很有限,R-loop在TME中的功能也仍然不清楚,但通过单细胞测序和DRIP-seq分析,我们可以深入了解R-loop在肿瘤组织内恶性和非恶性细胞之间以及TME其他细胞内的作用。 实验思路 研究意义 单细胞测序证明肺腺癌LUAD恶性细胞的R-loop评分与疾病进展相关 本为了探索...
R-loop是一种由RNA-DNA杂交体和单链DNA组成的三链核酸结构,广泛存在于活跃转录的基因区域和高GC序列中。它不仅是基因表达的“调控开关”,也可能引发基因组不稳定,成为细胞健康的“双刃剑”。本文将解析R-loop的形成机制、生物学功能及其研究方法,揭示这一结构在生命科学中的重要意义。 R-loop...
肿瘤细胞耐药性是肿瘤治疗的主要挑战之一。目前的研究主要集中在利用二代测序和单细胞转录组测序研究细胞基因表达对药物的响应,以及利用CRISPR/Cas9筛选重要的原癌基因。然而,R-loop在肿瘤细胞耐药性中的具体作用尚未充分探索。现有的R-l...
R-loop可通过顺式或反式形成3R-loop在基因组中分布广泛R-loop最初被认为是是罕见的转录副产物，目前发现存在于各种基因组中，例如细菌、酵母、高等植物和人类细胞等。在各种基因组中，R-loop的分布非常广泛。R-loop在与反义转录相关的基因处富集明显，可直接促进反义表达。在酵母、人类细胞和植物中，R-loop主要...
此外,论文还展望了单细胞测序技术的开发以及基于机器学习的R-loop预测工具的发展,相关的应用或对探测R-loop在不同物种及不同生理过程中的功能提供帮助。随后,该综述重点介绍了植物中R-loop研究进展,描述了拟南芥、玉米、水稻和杨树等植物...
为解决真核生物DNA复制时序调控机制这一科学问题,格拉斯哥大学研究团队以利什曼原虫为模型,揭示了RNase H1通过调控R-loop(RNA-DNA杂交体)分布影响染色体大小依赖性复制时序的新机制。研究发现RNase H1缺失会导致复制时序紊乱、非整倍体增加和基因组不稳定性加剧,为理解单细胞真核生物适应性进化提供了新视角。
scCUT&Tag,即单细胞CUT&Tag,可以进一步了解,指定的转录因子或者组蛋白修饰,在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。 02 嘉因生物-CUT&Tag优势 优势一 2021年7月,国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome Biology。截止至2023年8月,嘉因已累计协助客户发表CUT&Tag文章78篇,总影响因子超过600分,包括Natu...
R-loop是由RNA:DNA杂合链和非模板单链DNA构成的三链结构,广泛存在于从细菌到人类等物种的基因组中。R-loop结构主要随细胞转录活动产生,受细胞精细调控而处于高度动态变化当中。生理水平下的R-loop结构密切参与转录调控、组蛋白与DNA的表观遗传修饰调控、DNA损伤修复、免疫球蛋白类型转换等生物学过程,并作为调控网络的...