dplyr函数处理速度比基本R函数快。 这是因为dplyr函数是以计算有效的方式编写的。 它们在语法上也更稳定,并且比向量更好地支持数据帧。以下是该包中的方法与用途: dplyr FunctionDescriptionEquivalent SQL select()Selecting columns (variables)SELECT filter()Filter (subset) rows.WHERE group_by()Group the dataGR...
比如,对于一个数值x,其log10变换可以使用以下公式表示: [ y = \log_{10}(x) ] 在R语言中,可以使用内置函数log10()来实现这一转化。 R语言代码示例 假设我们有一个包含一组数据的向量,以下是进行log10对数转化的代码示例: # 创建一个包含数值的向量data<-c(1,10,100,1000,10000)# 对数据进行log10对数...
首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
“表达统计量”可以是RNA的mappped reads数量,如果这个数字已经是normalized过的,需要在R包limma分析的时候加上“不做标准化操作”的参数,或者也可以直接用自己计算的p-value(t-test得到)和log2 foldchange来画图 一般可以用R的limma包进行差异分析。 原始输入数据: 1.表达矩阵,每一行是一个基因,每一列是一个样...
这就是为什么我们有时发现-log10Pvalue可以达到两三百 这样,我们就知道了p值小到什么程度会变成0 回到这个问题:“How should tiny p-values be reported? (and why does R put a minimum on 2.22e-16?)”, 来看看,这么小的数在R中计算有意义吗?
abs、sqrt、exp、log、log10、log2 sin、cos、tan、asin、acos、atan、atan2 choose(n, k) #n个里面取k个的组合数 计算n!的方法:factorial(n); gamma(n+1); prod(1:n) sign(x) #返回x的正负号 二、R中计算的两个特点 1、向量化(逐个元素循环操作) ...
推荐模型中双塔模型早已经普及.一个塔学用户表达.一个塔学item表达.很多双塔模型用各种各样的in-batch...
a10;b ab;ab;ab;ab 余数,整除 ab;ab 绝对值 absa 判断正负 sign2:3a10;b5;c cb;cb;cb10 自然常数e exp1 自然常数e的幂 exp3 平方根 sqrtc 以2为底的对数 log2c
#默认情况下,横轴展示 log2FoldChange,纵轴展示 -log10 转化后的 padj p <- ggplot(data = res1, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(padj), color = sig)) + geom_point(size = 1) + #绘制散点图 scale_color_manual(values = c('red', 'gray', 'green'), limits = c('up', 'none...
> log2(2) [1] 1 > log10(1000) [1] 3 > log(49, base = 7) [1] 2 6. 绝对值运算 绝对值运算用abs()函数,比如: > abs(2) [1] 2 > abs(-2) [1] 2 7. 平方根运算 平方根运算用sqrt()函数,比如: > sqrt(2) [1] 1.414214 ...