在第一个热图的第二个分块中,文本和线条注释 decorate_heatmap_body("ht1",{grid.text("outlier",1.5/10,2.5/4,default.units="npc")grid.lines(c(0.5,0.5),c(0,1),gp=gpar(lty=2,lwd=2,col="green"))},slice=2) 为第一个热图的树形图的不同类别添加不同的背景颜色 decorate_column_dend("ht...
ComplexHeatmap包是基于grid包的,使用面向对象的方式实现热图及其组件,主要包含以下几个类: Heatmap:绘制单个热图 HeatmapList:绘制热图列表 HeatmapAnnotation:定义热图的行、列注释列表,可以是热图的一部分,也可以独立于热图 以及一些内部类: SingleAnnotation:定义单个行、列注释,组成HeatmapAnnotation的列表元素 ColorM...
热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例中的颜色映射函数中的break与显式的并不完全一样 例如 col_fun <- colorRamp2( ...
ComplexHeatmap包的一个重要的功能是,能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释,以图形化的方式展示各信息之间的关联 通常水平方向的连接比较常用,我们介绍的重点也是水平连接,竖直的连接原理基本是一致的。 在进行水平连接时,热图和注释的行数要相同 例如,我们要绘制三个热图列表,数据如下 set.seed(123) mat1 <- m...
使用pheatmap已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受pheatmap包的启发,ComplexHeatmap提供了对热图更多更灵活的控制,如多数据热图的排列比较以及多种图形注释等。 下面我们详细介绍ComplexHeatmap包 设计理念 一张热图分为主体和组件两部分,热图的主体可以分割为多行多列的热图块,热图的组件包括标题、树状图、行列...
【PowerBI数据可视化】PowerBI数据分析实战课程 数据分析可视化课程 Power BI入门这一套够了 1704 0 17:36 App 机器学习6:R语言实现XGboost 1294 0 38:40:58 App 8小时搞定python数据分析与可视化,从入门到高阶,实战案例详解,干货课程!! 2.6万 64 03:15 App 带“阳”字地级市历年人均GDP排行(1949-2023...
绘制热图时，首先需安装并导入 ComplexHeatmap 包。为了美观，通常需要对数据进行标准化。热图的配色可通过 colorRamp2 函数进行设置，此函数接受值映射范围断点和对应颜色值作为参数。颜色映射函数需要接受一个向量输入，并返回一个向量输出。标题的设置比较简单，可直接设置列标题和行标题的样式。复杂的文本...
方法11：选择聚类算法 保存热图为图片文件 参数详细设置 设置工作目录：通过setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization")设定工作目录，简化文件路径操作。载入数据：指定相对路径resource/dataset_heatmap.txt，使用header = TRUE和row.names = 1读取数据，确保正确识别行名。获取数据子集：为获取特定基因...
App R语言随机森林RandomForest、逻辑回归Logisitc预测心脏病数据和可视化分析 114 0 01:29 App R语言用线性混合效应(多水平层次嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度的关系 1387 0 04:52 App R语言DTW 动态时间规整算法分析序列数据和可视化 浏览方式(推荐使用) 哔哩哔哩 你感兴趣的视频都在B站 打开信息...
ComplexHeatmap包的一个重要的功能是,能够在水平或竖直方向连接多个热图和注释,以图形化的方式展示各信息之间的关联 通常水平方向的连接比较常用,我们介绍的重点也是水平连接,竖直的连接原理基本是一致的。 在进行水平连接时,热图和注释的行数要相同 例如,我们要绘制三个热图列表,数据如下 ...