使用pheatmap已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受pheatmap包的启发,ComplexHeatmap提供了对热图更多更灵活的控制,如多数据热图的排列比较以及多种图形注释等。 下面我们详细介绍ComplexHeatmap包 设计理念 一张热图分为主体和组件两部分,热图的主体可以分割为多行多列的热图块,热图的组件包括标题、树状图、行列...
热图和注释的图例可以分别在Heatmap()函数的heatmap_legend_param参数和HeatmapAnnotation()函数的annotation_legend_param参数中进行设置 1. 连续型图例 连续型图例需要传递一个颜色映射函数,类似于热图及注释函数中的col参数,但是图例中的颜色映射函数中的break与显式的并不完全一样 例如 col_fun <- colorRamp2( ...
ComplexHeatmap包是基于grid包的,使用面向对象的方式实现热图及其组件,主要包含以下几个类: Heatmap:绘制单个热图 HeatmapList:绘制热图列表 HeatmapAnnotation:定义热图的行、列注释列表,可以是热图的一部分,也可以独立于热图 以及一些内部类: SingleAnnotation:定义单个行、列注释,组成HeatmapAnnotation的列表元素 ColorM...
在第一个热图的第二个分块中,文本和线条注释 decorate_heatmap_body("ht1",{grid.text("outlier",1.5/10,2.5/4,default.units="npc")grid.lines(c(0.5,0.5),c(0,1),gp=gpar(lty=2,lwd=2,col="green"))},slice=2) 为第一个热图的树形图的不同类别添加不同的背景颜色 decorate_column_dend("ht...
但通常仅仅绘制热图是不够的，还需要对数据进行聚类，即绘制聚类热图。例如，最常用的就是将差异基因的表达值绘制聚类热图，来查看基因在不同样本中的表达差异情况，或者比较不同聚类分组之间的差异。绘制聚类热图的包有很多，我们主要介绍 pheatmap 和 ComplexHeatmap 假设我们有如下数据 要绘制简单的...
示例数据 链接:https://pan.baidu.com/s/13l8UtKvvDxFWL8ikzq7vJw 提取码:ttb4 文件说明 示例数据,其中数据均为虚拟数据,与实际生物学过程无关 文件名:dataset_heatmap.txt 列分别为基因,cell1的5个重复样本,cell2的5个重复样本 行代表每个基因在所有样本的FPKM值 ...
R语言 聚类分析 层次聚类 K-Means聚类 #数据可视化 #机器学习 #数据分析 #聚类分析 #R语言 - 好伙计于20220905发布在抖音,已经收获了74个喜欢,来抖音,记录美好生活!
(a)部分:k-means聚类 使用k-means聚类法将数据集聚成2组。 画一个图来显示聚类的情况 使用k-means聚类法将数据集聚成3组。 画一个图来显示聚类的情况 (b)部...
原文链接: tecdat.cn/?p=22879 原文出处: R语言聚类有效性:确定最优聚类数分析IRIS鸢尾花数据和可视化 mp.weixin.qq.com/s/xE84lHJkIEuAmiIVvY9bhg 数据集概述这个数据集常用于数据概述、可视化和聚类模型。它包括三个鸢尾花品种,每个品种有50个样本,以及一些属性。其中一个花种与其他两个花种是线性可分离的,但...
方法11：选择聚类算法 保存热图为图片文件 参数详细设置 设置工作目录：通过setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization")设定工作目录，简化文件路径操作。载入数据：指定相对路径resource/dataset_heatmap.txt，使用header = TRUE和row.names = 1读取数据，确保正确识别行名。获取数据子集：为获取特定基因...