source("pairs_test.r") # 导入多重比较函数,在上篇推文“R统计-微生物群落结构差异统计分析”中有写,这里为节省篇幅,直接用source()导入 diff = pairwise.adonis(spe, group$grazing, sim.method="bray", p.adjust.m= "bonferroni") # 多重比较,也可使用RVAideMemoire包进行,使用方法推荐阅读微生信生物的...
群落结构差异分析主要通过β-多样性指数（如Bray-Curtis或Jaccard）来度量不同生境之间的物种组成相异性或沿环境梯度的物种更替速率。ADONIS/PERMANOVA-PCoA是基于组间距离指数的多变量方差分析方法，能够解释不同分类因子对群落差异的贡献度，并通过置换检验来验证统计显著性。在群落结构差异分析过程中，我们需...
群落结构差异检验之相似性分析 R Markdown 此处导入out_table文件的样本间Bray-curtis距离矩阵文件bray.txt;分组文件为将来自6个海岛的样本编为6个组(LC、LS、SE、SpW、YC、YS);在所有分组水平上,使用ANOSIM检验整体差异,查看来自6个不同采样地点所获得的微生物群落结构组成在整体上是否不具备一致性,各组间群落...
群落结构差异检验之相似性分析 R Markdown 此处导入out_table文件的样本间Bray-curtis距离矩阵文件bray.txt;分组文件为将来自6个海岛的样本编为6个组(LC、LS、SE、SpW、YC、YS);在所有分组水平上,使用ANOSIM检验整体差异,查看来自6个不同采样地点所获得的微生物群落结构组成在整体上是否不具备一致性,各组间群落...