程序使用方法:复制一下代码,保存为msd.py文件,和dump.xyz保存到一个文件夹中,使用命令行进入该文件夹,输入命令: pythonmsd.py 程序运行结束,会自动生成msd_data.txt文件 对应的python代码为: #导入需要的各种模块fromovito.ioimportimport_file,export_filefromovito.modifiersimportCalculateDisplacementsModifierimportnum...
1. 密度沿某个方向上的分布计算 2. 径向分布函数(RDF)的计算(LAMMPS、OVITO) 3. OVITO批量导出数据 4. Python对数据进行平均处理 5.UA聚乙烯为例,进行聚合物交联反应的模拟 30 聚合物交联反应 31 论文复现(梯度金属、粗粒化石墨烯) 1. Cu-Ni径向、轴向原子级梯度过渡的合金模型的力学性能 2. 粗粒化石墨...
8.高熵、中熵合金多晶结构在Ovito中的多种显示模式 | 分子动力学LAMMPS、Materials Studio建模 | MS杨站长 华算科技 01:03 9.GCMC吸附 | Grand Canonical Monte Carlo分子动力学计算材料吸附等温线、吸附位点 | MS杨站长 华算科技 00:26 10.金属线拉伸,应力应变曲线分子动力学 | LAMMPS/ Materials Studio...
初始模型构建对于初始模型构建这一部分,大家可以各显神通,会编程的可以自己编程建模,不会编程的可以利用建模软件进行建模,例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件,但是其中建模工具是免费的,相关教程百度很多),将MS得到的模型文件导入OVITO软件,再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版):其...
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Besides, all data in mdapy is stored in NDARRAY format in NumPy, which enables easy integration with the scientific ecosystem in python and facilitates collaboration with other post-progressing tools such as OVITO and freud.ResourcesHomepage: https://github.com/mushroomfire/mdapy Documentation: ...
DATA formats inLAMMPS, POSCAR format inVASP, universal XYZ format and CIF format. Besides, all data inmdapyis stored in NDARRAY format inNumPy, which enables easy integration with the scientific ecosystem in python and facilitates collaboration with other post-progressing tools such asOVITOandfreud...
初始模型构建对于初始模型构建这一部分,大家可以各显神通,会编程的可以自己编程建模,不会编程的可以利用建模软件进行建模,例如用的最多的Materials Studio (MS)(虽然这是个收费软件,但是其中建模工具是免费的,相关教程百度很多),将MS得到的模型文件导入OVITO软件,再利用OVITO软件可以导出LAMMPS软件可读的格式(简化版):其...
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