确认conda命令可用之后,输入如下命令安装PyMol:$ conda install -c conda-forge pymol-open-source 使用方法在完成上述安装流程之后,免费版的PyMol会在指定目录下(如\conda\miniconda\Scripts生成一个pymol.bat的脚本文件,如果是收费版的可能会有一个exe可执行文件。虽然是bat文件,但是我们依然可用设置其为默认的...
确认conda命令可用之后,输入如下命令安装PyMol: $ conda install -c conda-forge pymol-open-source 1. 使用方法 在完成上述安装流程之后,免费版的PyMol会在指定目录下(如\conda\miniconda\Scripts生成一个pymol.bat的脚本文件,如果是收费版的可能会有一个exe可执行文件。虽然是bat文件,但是我们依然可用设置其为默...
PyMOL:2.5.0 免费开源版(也可以拿教育网邮箱申请五年的lic) 0. 配置环境 通过Anaconda配置虚拟环境。安装Anaconda,安装过程中记得勾选“添加到PATH”。打开命令行,输入“conda”,看到提示证明安装成功。 输入如下命令: conda init 关闭命令行并重新进入。 注:如果不是通过conda,需确保安装了Microsoft Visual C++ Red...
在本地的conda环境下,直接执行如下指令,即可自动完成安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ conda install -c conda-forge pymol-open-source Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== ...
conda create -n yourenvname python=2.7 conda activate yourenvname 由于pymol的包要用pip安装,所以上面都没有用conda其他安装包(如numpy, mkl, pmw,scipy等),下面用pip安装,当你启动pymol时,它也会提示你还需要哪些未安装的依赖包。我使用的是UC Irvine实验室提供的whl文件来安装的,下载相应版本的whl。pymo...
在本地的conda环境下,直接执行如下指令,即可自动完成安装: $ conda install -c conda-forge pymol-open-source Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== ...
我以64bit的windows+ conda python27 为例,选择相应的文件: 注解 自行到`uci wheel官网 <https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/>`_ 上根据自己的python版本和系统架构选择相应的whl文件numpy+mkl、pymol、pymol_launcher。 numpy+mkl 如 numpy‑1.14.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl代表py...
>>> conda install -c menpo ffmpeg 制作分子对接示例动画准备材料(选定蛋白体系,配体) 分子对接,保留制作动画用的配体小分子构象 制作动画3.1 导入蛋白,3.2 通过命令导入小分子,并设置object的名字为ligload conf1name.mol2, lig load conf2name.mol2,lig ... ... 3.3 美化,调整角度,颜色,显示模式,动画...
由于我的电脑没有给硬盘分区,只有一个C盘,所以我的习惯是把该文件存在.conda文件夹下面。于是我在.conda/pkgs文件中新建了一个pymol文件夹,将下载好的whl文件拷贝进入这个地址。 3. 本地安装 在下载了.whl安装文件的文件夹中,shift+鼠标右键,打开Powershell窗口。命令行输入“pipinstall pmw”。如果执行不成功,建...
的功能是如此的强大,如何更加有效的使用 2.pymol自带的命令行工具,对于我来说简直是魔鬼,而且,对于一个三维可视化工具,命令行总感觉不如鼠标更有感觉 所以,我目前遇见的一个问题是,怎么去对比两个蛋白...pymol是个包,我用conda安装 所以,我们就可以 In [9]: import pymol2 ...: p1 = pymol2.PyMOL()...