Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。Primer-Blast 可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)找到, 或是直接用下面的链接进入:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/这个工具整合了目前流行的Primer3软件,再加上NCBI 的Blast 进行引物特异性的验证。 Primer...
首先,引物的3端对扩增效率的影响是非常大的,如果预测出的非特异性结果中,3端存在不匹配碱基,说明即使引物能够结合模板,但3端会翘起,导致无法扩增,这一类的非特异结果可以忽略。 其次,PCR的产物大小是有限制的,尤其对于qPCR,由于延伸时间非常有限,大于1000的产物是基本上无法扩增出来的,如果非特异性产物远大于目的产...
对于常规PCR,产物可以通过凝胶电泳对非特异性条带进行分离,引物的非特异性并不是很重要,但是对于SYBR Green染料法荧光定量PCR,引物的特异性则非常重要。 但是,并不是说预测出了非特异结果,引物的性质就一定不好,需要具体情况具体对待: 首先,引物的3端对扩增效率的影响是非常大的,如果预测出的非特异性结果中,3端...
“Database”可以选择引物特异性检测的数据库。一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库,可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。 ①Refseq mRNA:包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况; ②Refseq representative genomes:以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的...
Primer-Blast是NCBI提供的工具，用于评估引物的特异性。使用时，首先输入一对引物序列，选择相应的物种数据库，如人类（Homo sapiens）、小鼠（Mus musculus）或大鼠（Rattus norvegicus），并选择适合的数据库，如Refseq mRNA或Refseq representative genomes，根据PCR模板类型调整搜索条件。在Specificity check选项...
Primer-Blast⽐对引物特异性的步骤 打开NCBI，进⼊Blast，⽹页如下：点击上图红框标记的Primer-Blast，进⼊如下界⾯，在界⾯引物序列处，将正反向引物序列粘贴 进去，5-3⽅向。产物⼤⼩默认为70~1000，可以根据实际情况进⾏调整。选择相应的物种和参考数据库。⾸先，要确保Specificity check⼀栏...
首先,引物的3端对扩增效率的影响是非常大的,如果预测出的非特异性结果中,3端存在不匹配碱基,说明即使引物能够结合模板,但3端会翘起,导致无法扩增,这一类的非特异结果可以忽略。 其次,PCR的产物大小是有限制的,尤其对于qPCR,由于延伸时间非常有限,大于1000的产物是基本上无法扩增出来的,如果非特异性产物远大于目的产...
一、Primer-BLAST简介Primer-BLAST是一种在线工具，用于设计PCR引物并进行引物特异性分析。它可以帮助科学家们在基因组数据库中查找并比对目标序列，以确保引物的特异性，从而避免因引物二聚体或非特异性扩增等问题导致的实验失败。Primer-BLAST不仅提高了引物的设计效率，而且降低了实验成本和时间。二、Primer-BLAST使用...
Primer-BLAST: NCBI 的引物设计和特异性检验工具 一、 Primer-BLAST 介绍 Primer-BLAST, 在线设计用于聚合酶链反应(PCR) 的特异性寡核苷酸引物。 Primer-Blast 可以 直接从 Blast 主页 ( http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) 找到 , 或是直接用 下 面的 链接进入:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer...
使用NCBI Primer Blast对引物进行特异性分析。将设计的引物复制至Primer Blast,对比数据库为参比数据库选择人基因组(Homo Sapiens)、全部病毒基因组(Viruses)和全部细菌基因组(Bacteria);限制扩增片段长...