在PLS-DA或OPLS-DA分析中，VIP值会根据所用模型的不同而有所变化。这是因为PLS-DA和OPLS-DA虽然都...
VIP(Variable important in projection)是(O)PLS-DA模型变量的变量权重值,可用于衡量各代谢物积累差异对各组样本分类判别的影响强度和解释能力,VIP≥1为常见的差异代谢物筛选标准。 差异代谢物VIP值图 小结: 以上3种分析方法中前两种属于单变量分析法,(O)PLS-DA分析属于多变量分析法,由于代谢组学数据具有“高维、...
VIP(Variable important in projection)是(O)PLS-DA模型变量的变量权重值,可用于衡量各代谢物积累差异对各组样本分类判别的影响强度和解释能力,VIP≥1为常见的差异代谢物筛选标准。 ■■■ 差异代谢物VIP值图 小结 以上3种分析方法中前两种属于单变量分析法,(...
PLS-DA(偏最小二乘判别分析)是一种结合降维与分类功能的多变量统计方法,适用于高维度数据的分组差异分析。其通过构建潜在变量最大化组间差
VIP表示模型中最重要的变量,VIP分数大于1.0的阈值用于寻找差异变量,使用每个组的VIP平均值对变量进行排序。 相关服务: PLS-DA/OPLS-DA二维图 提交需求 姓名* 联系类型 * 请选择手机电子邮箱qq微信 联系方式 * 项目描述 咨询项目 * 提交需求 How to order?
1) OPLS-DA模型得到的变量权重值(Variable Importance for the Projection, VIP)用于衡量各代谢物的表达模式对样本分类判别的影响强度和解释能力,VIP>1的代谢物被认为在模型解释中具有显著贡献。 2) 通常以OPLS-DA VIP>1和T检验p value <0.05为显著性差异代谢物筛选标准。
图3则是对PLS-DA模型(c)的检验,直线的斜率大,Q^2的截距为X,说明PLS-DA模型没有过拟合。同时通过计算变量投影重要度(Variable Importance for the Projection, VIP)来衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能力,从而辅助标志代谢物的筛选(通常以VIP值>1.0作为筛选标准)(图4)。
总而言之,我们将使用PLS-DA和PCA-DA中预测的变量重要性(ViP)确定十种最能诊断癌症的蛋白质。 上面的PLS-DA ViP图清楚地将V1184与所有其他蛋白质区分开。这可能是一个有趣的癌症生物标志物。当然,必须进行许多其他测试和模型来提供可靠的诊断工具。
PLS-DA分析中，VIP（变量重要性投影）衡量了各代谢物对样本分类的重要程度，而交叉验证（R2和Q2）则评估模型的拟合性和预测能力。模型验证图通过permutation test展示模型的准确率，帮助评估模型的有效性。OPLS-DA分析中，S-plot图帮助识别与主成分和分类相关性强的代谢物，同时评估模型的R2X、R2Y和Q2值...
此外,还可通过变量投影重要度(Variable Importance for the Projection,VIP)衡量各代谢物组分含量对样本分类判别的影响强度和解释能力,辅助标志代谢物的筛选。通常以VIP值>1作为筛选标准。 #VIP 值帮助寻找重要的代谢物 vipVn <- getVipVn(sacurine.plsda) ...