phonopy -f vasprun.xml-* phonopy --dim='5 5 1' -c POSCAR-unitcell band.conf phonopy-bandplot --gnuplot>551.dat 就可以获得二阶力常数矩阵 FORCE_CONSTANTS 和声子谱的数据 551.dat. 最后,声子谱的数据 551.dat 可以拖进 OriginLab 绘图软件中绘制声
1. 克隆并启动容器 登录OpenBayes.com,在「公共教程」页面,选择「VASP 结合 phonopy 计算硅的声子谱」教程。 页面跳转后,点击右上角「克隆」,将该教程克隆至自己的容器中。 选择「NVIDIA GeForce RTX 4090」以及「vasp」镜像,OpenBayes 平台提供了 4 种计费方式,大家可以按照需求选择「按量付费」或「包日/周/月...
第一步优化结构,EDIFF=1E-6或者78... 第二步扩胞phonopy-d --dim="4 4 1"这里说明一下,大致就是要让扩胞后大于10埃量级,比如我算的是体系如果是3.8埃,乘4大于10埃,这里会生成很多POSCAR,鉴于我们这个是密度泛函微扰理论,所以那些POSCAR-001之类的没用,详见另一种方法。 第三步准备文件计算 mv POSCAR ...
Vienna Ab initio Simulation Package (The VASP Manual - VASP Wiki)是一个计算机程序,用于从第一性原理进行原子尺度材料建模,例如电子结构计算和量子力学分子动力学。 Phonopy (Welcome to phonopy — Phonopy v.2.37.1) 是一款用于在简谐和准简谐水平下计算声子能带结构、热学性质、群速度以及其他与声子相关物理量...
phonopy-bandplot --gnuplot>PBAND.dat 来将数据存放到PBAND.dat文件中,进行后续处理。 TIPS:关于虚频,使用上述方法得到的声子谱常常在gamma点附近有虚频,解决方法我知道的一是尽可能的再去优化原胞结构,二是尝试使用更大的超包进行计算,当然那样运算量会更大。 新手一个,仅供参考。
干货丨VASP结合Phonopy计算自由能、热容和熵 计算基地 2024-08-29 18:55 关注 前面我们学习了使用Phonopy,通过有限位移法和密度泛函微扰法(DFPT)计算得到声子谱以及对声子谱进行非解析项校正。那么如何得到声子相关的其他性质,比如自由能、热容、熵等热学性质呢?本文将简单介绍在DFPT计算声子谱的基础上,如何通过Phonopy...
使用Phonopy计算声子群速度时,q点处的群速度主要由标签GROUP_VELOCITY控制,群速度被写入yaml文件中,对应于笛卡尔坐标的运行模式。物理单位取决于输入文件的物理单位和频率转换因子,但是如果仅仅使用VASP和默认设置(例如,声子频率为THz),那么物理单位将是Angstrom THz。 操作步骤 (1) 首先对结构高精度优化后扩胞,计算得到...
Vienna Ab initio Simulation Package (VASP)(The VASP Manual - VASP Wiki)是一个计算机程序,用于从第一性原理进行原子尺度材料建模,例如电子结构计算和量子力学分子动力学。 Phonopy (Welcome to phonopy — Phonopy v.2.37.1)是一款用于在简谐和准简谐水平下计算声子能带结构、热学性质、群速度以及其他与声子相关...
若遇到生成FORCE_CONSTANTS文件困难，则需去掉注释部分。将每个计算目录job-*中的vasprun.xml文件复制到上级目录，改名并编号。接着，执行三条命令以获取二阶力常数矩阵FORCE_CONSTANTS和声子谱数据551.dat。声子谱数据551.dat可以导入OriginLab软件绘制，FORCE_CONSTANTS文件则可用于进一步计算晶格热导率。