PLS-DA能按照预先定义的分类(Y变量)最大化组间的差异,获得比PCA更好的分离效果。 正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal PLS-DA,OPLS-DA )是一种有监督的判别分析方法,是多变量统计分析方法。OPLS-DA综合了PLS-DA和正交信号过滤(orthogonal signal correction, OSC)技术,能够把与预先设定的和分类无关的信息最大程...
目前的分析上来看二者区别不大,通常两种方法取其一即可,但通常推荐使用PLS-DA。 该图为OPLS-DA构建分类模型【4】。 PLS-DA和OPLS-DA分析中,还会得到变量投影重要度(Variable Importance for the Projection,VIP)值,用于衡量各代谢物组分含量对样本分类判别的影响强度和解释能力,辅助标志代谢物的筛选。在遇到P值和FD...
PLS-DA模型采用10个成分来评估最终模型所需的性能和成分数量(见下文)。 ##样品图:将样本投影到前两个成分所形成的子空间中。 srbct.plsda <- plsda(X, Y, ncomp = 10) plotIndiv(srbct.plsda , comp = 1:2, group = srbct$class, ind.names = FALSE,ellipse= TRUE, legend = TRUE, title = 'P...
并且PLS-DA和OPLS-DA所构建的分类预测模型,可进一步用于识别更多的样本类别,这是探索性的PCA方法无法做到的。 另外,PLS-DA和OPLS-DA所构建的分类模型中的载荷图可用于衡量各代谢物组分对样本分类判别的影响强度和解释能力,辅助标志代谢物的筛选。 ## 实例解读 例1. 不同品种代谢产物OPLS-DA loading plot1 image...
1.6万 2 5:11 App 3.3.2 PLS-DA模型评价 1.2万 12 57:49 App SIMCA处理数据,PCA分析,PLS分析,OPLS分析 3975 1 4:28 App MetaboAnalyst 5.0 - Statistical Analysis (Other analysis) 4651 -- 5:09 App MetaboAnalyst 5.0 LC-MS Spectral Analysis (Part1) 1.8万 17 14:58 App 代谢物通路富集...
PCA分析中，碎石图显示主成分的贡献率，得分图（二维或三维）直观展示样本之间的相似性和组间差异。荷载图显示变量对主成分的解释力度。PCA得分图中的点可以反映样本的相似性，而荷载图的点则表明变量与主成分的相关性。PLS-DA分析中，VIP（变量重要性投影）衡量了各代谢物对样本分类的重要程度，而交叉...
PLS-DA/OPLS-DA二维图。不同于主成分分析(PCA)法,Partial Least Squares Discrimination Analysis(PLS-DA)或Orthogonal PLS-DA(OPLS-DA)是一种有监督的 - BTP生物科技于20231201发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
PLS-DA(Partial Least Squares Discriminant Analysis)是基于经典的偏最小二乘回归模型的判别分析方法,其响应变量是一组反应统计单元间类别关系的分类信息,是一种有监督的判别分析方法,经常用来处理分类和判别问题。通过对主成分适当的旋转,PLS-DA可以有效的对组间观察值进行区分,并且能够找到导致组间区别的影响变量。PL...
基于R语言如何实现偏最小二乘法判别分析（PLS-DA）？基于R语言的微生物群落组成多样性分析——共线性...
SIMCA14软件的使用(HCA、PCA、OPLS-DA分析) 在学习的小鱼丸 18420 00:36 SIMCA14软件的使用(2) 在学习的小鱼丸 12030 16:02 simca:第十讲 数据分析 不爱吃鱼的馋猫 31610 06:41 SIMCA14的使用(3) 在学习的小鱼丸 21680 18:04 主成分分析(PCA)的案例讲解 ...