生信自学网-课程试学-泛癌27分热点分析视频(TCGA数据库/Pan-cancer/突变/拷贝数), 视频播放量 1000、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 3、收藏人数 40、转发人数 3, 视频作者 生信自学网, 作者简介 ,相关视频:生信自学网-课程试学-网络毒理学文章套路(化合物毒性分析/ProTo
今天我们来介绍pan-cancer泛癌分析的第二个模块,也就是泛癌表达分析模块,使用方法非常简单。用户只需进入pan-cancer模组,点击panExpr模块,在左上角”your genes”输入感兴趣的基因并运行。结果以图表形式展示,横轴为不同癌症,纵轴为基因TPM表达值,红色和黄色分别表示肿瘤组织和正常组织。这种方式直观地显示了特定基因...
(A) Histogram shows the frequency of somatic copy number alterations for each FRG in each cancer type. 底层数据来自TCGA数据库TCGA.PANCAN.sampleMap_Gistic2_CopyNumber_Gistic2_all_data_by_genes.gz。通过gistic2软件计算的每个基因在样本中的拷贝数。 使用过程同样非常简单,只需要上船一个基因列表。
泛癌孟德尔随机化分析视频 Pan-cancer/基因eQTL/TCGA数据库 #生信自学网 #孟德尔随机化 #MR分析 #TCGA - 生信自学网于20241013发布在抖音,已经收获了63个喜欢,来抖音,记录美好生活!
图1. PancanQTLv2.0数据库内容概要及网站首页 韩冷课题组博士后陈诚轩和刘源为该论文的共同第一作者，韩冷教授为通讯作者。韩冷，印第安纳大学医学院David Brown Chair Professor in Genomic Medicine，其研究团队利用大规模数据深入研究新的治疗靶点及新的治疗方案，在Nature Metabolism、Cancer Cell、Nature Review ...
GTEx数据库(https://gtexportal.org/home/datasets)中有人体各个器官和组织的转录组。之前的有关ACE2教程,都是用这个数据库中的数据完成的。当然数据是开放下载的,Xena研究机构提供了标准化以后的数据(下载链接是https://toil.xenahubs.net/download/gtex_RSEM_gene_tpm.gz, https://toil.xenahubs.net/download...
近日,燃石医学团队和中科院肿瘤医院王志杰团队基于自有队列、已发表的文献数据和TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的多组学数据,发布的Pan-Cancer免疫治疗疗效预测及预后预测的web平台“IMPACT”正式见刊CLINICAL AND TRANSLATIONAL MEDICINE(影响因子:...
Pan-Cancer的目标是跨肿瘤类型以及跨平台收集连贯一致的TCGA数据集,然后分析和解释这些数据。Pan-Cancer提出的两个月时间内,整理了12种癌症的在基因组、蛋白质、表观以及转录组6种不同平台的数据(如Fig1A所示)。 可见,Pan-Cancer不是特指某种肿瘤,通过泛癌分析,我们可以发现不同肿瘤类型中的基因组和细胞改变之间...
近日,燃石医学团队和中科院肿瘤医院王志杰团队基于自有队列、已发表的文献数据和TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的多组学数据,发布的Pan-Cancer免疫治疗疗效预测及预后预测的web平台“IMPACT”正式见刊CLINICAL AND TRANSLATIONAL MEDICINE(影响因子:10.6)。IMPACT平台旨在协助研究人员更深入地探索免疫检查点抑制剂(immune checkpoin...
Pan-Cancer的目标是跨肿瘤类型以及跨平台收集连贯一致的TCGA数据集,然后分析和解释这些数据。Pan-Cancer提出的两个月时间内,整理了12种癌症的在基因组、蛋白质、表观以及转录组6种不同平台的数据(如Fig1A所示)。 可见,Pan-Cancer不是特指某种肿瘤,通过泛癌分析,我们可以发现不同肿瘤类型中的基因组和细胞改变之间...