mol2转pdbqt: ```sh obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt ``` pdb转mol2: ```sh obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 ``` smiles转2D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d ``` smiles转3D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –...
各位老师好，我在使用openbabel进行格式转换，将pubchem下载的SDF-->vina识别的pdbqt，并进行虚拟筛选。o...
obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb转mol2 将pdb格式的文件转换为mol2格式,命令如下: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles转sdf(2D) 将smiles格式的文件转换为2D的sdf格式,命令如下: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles转sdf(3D) 将smiles格式的文件...
Open Babel version: 3.1.1 Operating system and version: Windows 10 Expected Behavior I want to convert several molecules from sdf format to pdbqt. Actual Behavior I can't find pdbqt format neither in the output format options nor in the input. I tried reinstalling MGLTools, as it has AutoD...
将sdf数据库中得第一个分子摘出，-h时正常运行，没有警告，后续不加-ocopy转换成pdbqt，ds打开连接没...
obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb格式转mol2格式: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles格式转2D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles格式转3D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen3d ...
# 可以 ~/.ssh/authorized_keys 替换公钥 通过本地8008端口连接 # 这里用exec docker exec -it myenv /bin/bash openbabel/pybel 格式转化 [pybel API reference](Open Babel v2.3.1 documentation) from openbabel import pybel mols = pybel.readfile(format = 'pdbqt', filename = './1iep_ligand_vina...
OpenBabel不支持pdbqt格式，它只支持PDB、MOL和SDF等格式。如果您需要将PDB文件转换为MOL或SDF格式，可以使用其他软件，如VMD或Marvin等。
3、设置输出结构类型pdbqt,为输出结构的文件命名。 4、点击Convert进行格式转换。 OpenBabel功能拓展 在我们的药物研究过程中,离不开分子对接,分子对接离不开分子文件,分子文件的处理离不开openbabel,这个软件支持win以及linux系统。 支持SMILES,PDB,MOL2...
能量最小化怎么可能随机 配体是多肽；命令是 obabel *.sdf -O A.pdbqt -m -h -xb --gen3D --...