pdb转mol2: ```sh obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 ``` smiles转2D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d ``` smiles转3D sdf: ```sh obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen3d ``` sdf转smiles(删除氢): ```sh obabel ligands.sdf -osmi -O ligands.s...
各位老师好，我在使用openbabel进行格式转换，将pubchem下载的SDF-->vina识别的pdbqt，并进行虚拟筛选。o...
mol2转pdbqt 将mol2格式的文件转换为pdbqt格式,命令如下: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb转mol2 将pdb格式的文件转换为mol2格式,命令如下: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles转sdf(2D) 将smiles格式的文件转换为2D的sdf格式,命令如下: obabel ligands.smi -O...
常用分子格式转换命令 mol2格式转pdbqt格式: obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt pdb格式转mol2格式: obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2 smiles格式转2D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d smiles格式转3D的sdf格式: obabel ligands.smi -O ligands.sdf ...
支持SMILES,PDB,MOL2,SDF等等110种化学分子格式文件,其中绝大部分都是可以相互转换的,例如1维的SMILES转化为2维或者3维的MOL2等等,加全氢原子,或者极性氢原子,分子能量最小化处理。 同时可以计算分子指纹,比较分子相似度,例如:MACCS,ECFP系列,FCFP...
obabel C.xyz -ixyz -opdb -O C.pdb 支持118种格式,如xyz、mol、mol2、pdb、smi,Gaussian文件gjf、log、fchk,ChemDraw文件cdx等。可以从没有成键信息的xyz文件转换为有成键信息的mol文件。 3.转换SMILES 生成甲烷的mol文件: obabel -:C --gen3d -omol -O C.mol 若要得到坐标,--gen3d不可少。SMIL...
OpenBabel不支持pdbqt格式，它只支持PDB、MOL和SDF等格式。如果您需要将PDB文件转换为MOL或SDF格式，可以使用其他软件，如VMD或Marvin等。
请问我现在有一个化合物的单晶数据（.cif），我可以直接将其通过openbabel转换为mol2格式的文件进行...
现在有个问题就是怎么通过smile生成例如logP、MW等物理性质
1.redhat可以使用setup配置IP 网络配置dhcp是*号代表自动获取 重启网络服务service network restart ONBOOT...