在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松下载数据库。在命令行中，可以看到如16S_ribosomal_RNA等众多可供选择的数据库，下载nt库的命令也非常简单，支持后台下载和断点续传。然而，由于nt库的文件大小超过80GB，网速不佳时，推荐使用Aspera软件进行高速下载，具体安装方法已在之前的文...
BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: perl update_blastdb.pl --showall 16S_ribosomal_RNA 18S_fungal_sequences 28S_fungal_sequences Betacoronavirus ITS_RefSeq_Fungi ITS_eukaryote_sequences LSU_eukaryote_rRNA LSU_prokaryote_...
需要从 https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/ 下载核酸数据库nt.gz和nr.gz文件;这两个文件大的如此吓人(nr.gz:75G;nt.gz:72G)。用wget命令龟速(56.00K 7.03KB/s 剩余 124d),使用迅雷也就白天300KB/s晚上2MB。 我直接甩给他一个关键词:aspera 学员表示非常诧异,的确以前看到过我的教程,见:使用eb...
下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript 复制 perl update_blastdb.pl--showall 16S_ribosomal_RNA 18S_fungal_sequences 28S_fungal_sequences Betacoronavirus ITS_RefSeq_Fungi ITS_eukaryote_sequen...
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...
Huttenhower 是人类微生物组生物活性资源库(HMBR)的项目负责人之一。该资源库提供平台和方法,并致力于整合 16S rRNA 测序、鸟枪法宏基因组测序、宏转录组测序和宏代谢组测序方法在微生物领域所取得的发现。HMBR 的目标是鉴定出对人类至关重要的微生...
②由于针对每个单一序列的公用数据库都可能存在信息不全,或是由于公用数据库在上传DNA序列时缺乏质量控制等情况,有引起错误鉴定的可能。 ③一些新的菌种或亚种的鉴定往往是在联合应用了更多同源序列的情况下被发现,如联合16s DNA和ITS鉴定为脓肿分枝杆菌的菌群,...
NCBI提供了⼀个⾮常智能化的脚本update_blastdb.pl来⾃动下载所有blast数据库。脚本使⽤⽅法：perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库？perl update_blastdb.pl --showall 该命令会显⽰所有可供下载的blast数据库，请⾃⾏选择：16SMicrobial cdd_delta env_nr env_nt est est_...
反应体系50μl,taq酶,反应条件为95℃预变性5min,94℃变性1min,53℃退火30s,72℃延伸90s,72℃延伸10min。将pcr产物电泳纯化回收构建克隆载体,选阳性克隆子提取质粒送至上海生工测序,将测得序列互补反向拼接,获得1500bp的碱基片段序列。将菌株nt14的16srdna基因序列提交genbank数据库,...
转录组中的NT和NR注释都是同源基因注释，即用自己基因的序列去NR或者NT数据库中的基因序列进行blast同源...