今天这篇笔记主要讲ATAC-seq, DNase-seq和MNase-seq 的原理,和探测区域的异同。 三种测序方法探测区域的差异: 三种测序方法探测区域的差异,来源https://www.the-scientist.com/lab-tools/reveling-in-the-revealed-34261DNase-seq DNase-seq 从他的名字就能看出来,使用了限制性内切酶(DNase I)对样品进行了片段化...
其原理是,缠绕有DNA的核小体和无核小体结合的DNA,在苯酚和氯仿中的溶解度不同。缠绕有DNA的核小体分布于两相交界处,而无核小体的DNA分布于亲水相中。在ENCODE工程中,FAIRE-seq被广泛的应用于鉴定人源的不同细胞系中活化的调控元件和用于比较正常细胞和疾病状态下的细胞中染色体的可及性差异。总的来说,FAIRE...
ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,...
研究人员利用该技术绘制了多种生物的核小体图谱,并揭示了核小体组织特点的共性和差异.本文介绍了MNase-seq的技术原理以及在解析核小体组织及其功能中的应用,总结了在染色质构象这一快速发展领域中的研究进展,并展望了染色质生物学的未来发展方向.由MNase-seq揭示的核小体组织结构为基因表达和发育调控提供了新的见解...
FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集。 MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 作者:六六_ryx 链接:https://www.jianshu.com/p/87bc2002e82c 來源:简书 图片来源: Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology ...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。
1.1 MNase-seq技术原理 利用微球菌核酸酶切割染色质纤维,回收DNA并配合下一代测序技术来绘制核小体定位图谱,称作MNase-seq。尽管MNase-seq在近10年来才得以飞速发展,但早在20世纪70年代,研究人员就开始利用MNase消化染色质并研究其结构[4,5]。MNase来源于金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus),同时具有核酸内切酶与外...
单细胞 MNase 测序技术是赵可吉实验室早期开发的常规MNase测序的进一步创新,该方法的操作流程借鉴了赵可吉实验室2015年开发单细胞 DNase 测序(scDNAse-seq)(Jin et al., 2015)。分析了大量NIH3T3、小鼠naive CD4+ T细胞、胚胎干细胞的单细胞M...
单细胞 MNase 测序技术是赵可吉实验室早期开发的常规MNase测序的进一步创新,该方法的操作流程借鉴了赵可吉实验室2015年开发单细胞 DNase 测序(scDNAse-seq)(Jin et al., 2015)。分析了大量NIH3T3、小鼠naive CD4+ T细胞、胚胎干细胞的单细胞MNase测序数据后发现细胞核组织的两个原理:第一,染色质处于沉默状态时,如异...