首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressedcircRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(targetDEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 研究人群的一般信息 ...
在miRNA‑miRNA‑TF‑mRNA‑mRNA调控网络中,使用功能模体发现分析(FANMOD)软件检测不同类型的三节点和四节点网络模式。每种网络模式类型都通过随机网络生成并进行显著性评估。计算每个网络模式类型的Zscore(真实网络中观察到的网络模式频率...
我校生命科学与资源环境学院谢梅琼课题组在国际学术期刊BMC Genomics(中国科学院二区top)上发表了题为“Regulatory networks of mRNAs and miRNAs involved in the immune response of diamondback moth, Plutella xylostella to fungal inf...
结果四：lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 结果五：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2网络参与肝硬化HCC的发展 文章还有部分补充数据，对于lncRNA–miRNA–mRNA调控网络的预测方法大致总结为：1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定（DEGs：差异表达的基因，DELs：差异表达的长非编码RNA，DEMs：差异表达的microRNAs，lncRNA：长...
miRNA-mRNA调控网络的构建 如图5A所示的miRNA-mRNA网络,两个重叠的基因FYCO1和嘌呤富集元素结合蛋白A(PURA)受到三个差异表达miRNA(hsa-miR-17-5p,hsa-miR-20b-5p和hsa-miR-20a-5p)的调控。有趣的是,这三个miRNA在卵巢疾病的外泌体组织中上调,而这两个mRNA下调。这些结果表明,来自卵巢组织的外泌体携带的miRNA...
研究人员通过整合青鳉(XYDMY-雌性、野生型雌雄个体)性腺RNA-seq和小RNA-seq数据,系统分析了性别分化过程中mRNA和miRNA的动态变化及其互作网络。研究鉴定出116个睾丸相关差异基因(如gsdf)和156个卵巢相关基因(如figlα),发现miR-202-5p等关键miRNA的时序性调控规律,首次构建了DMY基因介导的转录-转录后协同调控框架,为...
他们旨在通过构建 LUAD 的 circRNA-miRNA-mRNA 调控网络,探索其潜在的分子免疫调节机制,为 LUAD 的诊断和治疗寻找新的靶点和生物标志物。该研究成果发表在《Biological Procedures Online》上,为该领域带来了新的见解。 研究人员主要运用了以下关键技术方法:首先,从 GEO 数据库获取 circRNA 和 miRNA 的表达谱数据,...
该研究为 DENV 感染中的 miRNA - mRNA 调控网络提供了有价值的见解,识别出潜在的治疗靶点和诊断关键基因。所确定的 miRNA - mRNA 相互作用为开发靶向治疗方法和改进 DENV 诊断提供了有前景的途径,有助于更好地管理登革病毒感染。
一、为什么要做在进行dif-lncRNA-miRNA-dif-mRNA复合网络构建时,计算lncRNA和mRNA的Pearson相关系数,并进行相关性检验,是不可或缺的一步,一般我们更关注lncRNA-mRNA正相关表达关系,筛… 云生信学生物信息 根据mRNA预测结合的miRNA和lncRNA 前期研究中,为了了解某个蛋白是否收到上游的调控,包括miRNA和lncRNA,所以写...