通常建议使用选项-x选择一个预设,该选项同时设置多个参数。默认设置与map-ont相同。 映射长噪声基因组读取 minimap2 -ax map-pb ref.fa pacbio-reads.fq > aln.sam # PacBio CLR读取 minimap2 -ax map-ont ref.fa ont-reads.fq > aln.sam # Oxford Nanopore读取 minimap2 -ax map-iclr ref.fa iclr-...
#-a:设置输出为sam格式 #-x:对不同类型数据,设置不同参数 (四)查找长reads之间的重叠 minimap2 -x ava-pb reads.fq reads.fq > ovlp.paf # PacBio CLR read overlap minimap2 -x ava-ont reads.fq reads.fq > ovlp.paf # Oxford Nanopore read overlap (五)二代短reads的基因组比对 minimap2 -a...
由于比对文件可能非常大，因此在进行可视化之前，可能需要考虑数据压缩、子集选择或分布式计算等方法来减轻计算负担。补充说明： 在使用minimap2进行比对时，正确设置比对模式和参数至关重要，以确保获得准确且有意义的比对结果。 在进行可视化之前，建议对比对结果进行预处理和质量控制，以去除低质量或无关的比...
Third Party Software Notices ABSEIL BCFTOOLS BOOST BWA-METH BWA BZIP2 DEEPVARIANT GATK VG GIRAFFE HTSLIB ISAL JEMALLOC LZ4 MATPLOTLIB MINIMAP2 NUCLEUS SAMTOOLS STAR-FUSION STAR TCMALLOC TENSORFLOW TOOLSHED ZLIB End User License Agreements Getting Started ...
-x :非常中要的一个选项,软件预测的一些值,针对不同的数据选择不同的值 map-pb/map-ont: pb或者ont数据与参考序列比对; ava-pb/ava-ont: 寻找pd数据或者ont数据之间的overlap关系; asm5/asm10/asm20: 拼接结果与参考序列进行比对,适合~0.1/1/5% 序列分歧度; ...
安装与使用：可从Github获取最新版本，通过make命令编译并添加到环境变量。使用时可通过指定参数和输入文件进行比对。进一步学习：对于Minimap2的详细理论背景、其他功能、PAF文件解读以及FLAG标记含义，可参考相关文章和原始论文以及miniasm项目的文档。综上所述，Minimap2凭借其高效性能和广泛应用，是三代数据...
以minimap安装在conda环境为例: #激活环境 conda activate minimap2-env #参考基因组index minimap2 -d hg38.mmi hg38.fa #比对 minimap2 -ax map-ont -t 4 hg38.mmi nano_filter.fastq.gz > nano_filter.sam # -a 输出sam格式 # -x 比对模式 # -t 线程数发布于 2025-03-20 14:16・山东 ...
パッケージ: minimap2 (2.26+dfsg-1build1) [ports] [universe] minimap2 に関するリンク Ubuntu の資源: バグ報告 minimap2 ソースパッケージをダウンロード: [minimap2_2.26+dfsg-1build1.dsc] [minimap2_2.26+dfsg.orig.tar.xz] [minimap2_2.26+dfsg-1build1.debian.tar.xz] メンテナ:...
Do not delete the directory storing temporary files after completion. --no-seccomp-override Do not override seccomp options for docker (default: None). --version View compatible software versions. GPU options: --num-gpus NUM_GPUS Number of GPUs to use for a run. GPUs 0..(NUM_GPUS-1) wi...