1. MOTIFS:查看聚类后的motif及其logo图、E值、反向互补序列。 2. PROGRAMS:运行的各程序的对应命令行。 3. INPUT FILES:输入的文件信息。 4. Program information:Linux运行的命令行。 5. Summary in TSV。 6. Format:tsv格式的结果,点击“?”可查看各列解释。 7. Motifs in MEME Text。 8. Format:text...
命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna 1. 2. 3. 4. 5. 其中-meme-p指定运行MEME时的线程数,MEME这个软件的运行速度减慢,多线程可以提高运行速度,-...
第一列为motif对应的sequence logo, 第二列为识别到给motif对应的软件,第三列为motif对应的E value, 第四列为Tomtom比对得到的已知motif, 第五列为Centrimo分析得到的motif结合位点在输入序列上的分布,最后一列为SpaMo和FIMO软件的分析结果,其中GFF3文件保存在motif在输入序列上的结合位点。 命令行版本的基本用法如...
第一列为motif对应的sequence logo, 第二列为识别到给motif对应的软件,第三列为motif对应的E value, 第四列为Tomtom比对得到的已知motif, 第五列为Centrimo分析得到的motif结合位点在输入序列上的分布,最后一列为SpaMo和FIMO软件的分析结果,其中GFF3文件保存在motif在输入序列上的结合位点。 命令行版本的基本用法如...
命令⾏版本的基本⽤法如下 meme-chip \-meme-p 6 \-oc out_dir \-db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \input.fna 其中-meme-p指定运⾏MEME时的线程数，MEME这个软件的运⾏速度减慢，多线程可以提 ⾼运⾏速度,-db参数指定已知motif的数据库，在该软件的官⽹提供了motif的数据库供下载。相...
命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna 其中-meme-p指定运行MEME时的线程数,MEME这个软件的运行速度减慢,多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库,在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。
命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna 其中-meme-p指定运行MEME时的线程数,MEME这个软件的运行速度减慢,多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库,在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。