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clustalX下载地址：http://www.clustal.org/download/current/ 下载clustalx-2.1-win.msi这个。mega4.0可以对不同长度的DNA序列进行比对，然后计算遗传距离，再建树。但要通过一些保守分子进行分子进化分析，最好还是把相对应的那段序列放到一起做比对，然后建树。
256A3-AU ATXMEGA256A3-AU 256A3U-AU ATXMEGA256A3U-AU 329PA-AU ATMEGA329PA-AU 32A4U-MH ATXMEGA32A4U-MH 32D4-AU ATXMEGA32D4-AU 32U2-MU ATMEGA32U2-MU 340B-B02 DR340B-B02 340B-M02 DR340B-M02 355-C01 DR355-C01 355B-NL2 DR355B-NL2 356A-M02 DR356A-M02 ...