Medip-seq甲基化测序分析流程#流程大放送#MeDIP-seq测序 知音无限 介绍 MeDIP-Seq全称Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,即甲基化DNA免疫共沉淀测序。该种测序方法通过使用5'-甲基胞嘧啶抗体特异性抓去样本中甲基化程度高的DNA片段,并对富集的DNA片段进行高通量测序。相
二、MeDIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 MeDIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、cleanreads比对、DNA甲基化信号富集区域检测、区域邻近基因注释、样本组间数据比较和差异DNA甲基化区域的确定、差异DNA甲基化区域功能分析、个性化下游分析。
五、 甲基化DNA免疫共沉淀测序数据分析流程 六、 MeDIP-Seq数据分析内容 1. 测序数据质量控制 包括:总reads数、总base数,Q20比例、Q20位点分布图。 2. 测序数据预处理 包括:去除总体质量偏低的reads,将质量大于20碱基所占比例小于50%的reads去除;去除3’端质量Q低于20的碱基;去除reads中所含有的接头序列;去除...
分析流程 案例展示 案例一:小鼠胚胎干细胞的羟甲基化研究 研究背景 黑色素瘤,又称恶性黑色素瘤,是一种从黑色素细胞发展而来的癌症,是皮肤癌中罕见的癌症。好发于皮肤但也可能出现在口腔、肠道或眼睛中。女性患者的黑色素瘤常出现在腿,而男性患者则常出现在背部。有时黑色素瘤是由痣转变发展而来,有这种转变的痣...
技术服务流程 研究内容 一、标准信息分析 1.数据产出统计:对测序结果进行图像识别、去污染、去接头,统计结果包括read长度、read数据、数据产量; 2. MeDIP测序序列与参考基因组序列的比对; 3. MeDIP测序数据的全基因组分布趋势; 4.统计MeDIP测序数据富集区域( Peak )的信息; 5.基于peak的全基因组甲基化差异分析...
定制分析 多组学整合分析 SCI论文科研技术支持服务 文献检索查新及研究进展报告服务 其他优质服务 实验介绍 服务流程 送样要求 参考文献 留言咨询 MeDIP-Seq 全称Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,即甲基化DNA免疫共沉淀测序。该种测序方法通过使用5'-甲基胞嘧啶抗体特异性抓去样本中甲基化程度高的DNA片段,并...
二、MeDIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 MeDIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、clean reads比对、DNA甲基化信号富集区域检测、区域邻近基因注释、样本组间数据比较和差异DNA甲基化区域的确定、差异DNA甲基化区域功能分析、个性化下游分析。 三、常规应用 四、MeDIP-seq在...