首先,使用Materials Studio中的DFTB+模块搜索整个反应路径,该模块表明互变异构反应中存在两个独立等效步骤。然后使用DMol3模块精确确定其中一个势垒的过渡态结构,并得到整个开关的能量分布。 本教程包括如下部分: 开始 建立计算所需的分子构型 利用DFTB+计算反应路径并对分析计算结果 利用DMol3模块进行过渡态优化 注意:为了...
在DMol3 Minimum Energy Path对话框中,将运行模式Run mode更改为TS路径TS Path,然后关闭该对话框。 在DMol3 Calculation对话框的Job Control选项卡上,选择合适的网关和多个处理器,然后单击Run按钮。 这个计算需要一些时间才能完成。 DMol3最小能量路径Minimum Energy Path任务的工作方式与DMol3中的其他任务不同。该任务需...
在本教程的DFTB+部分中,将使用两个连续的路径循环来研究萘酞菁分子开关。 轻推弹性带(Nudged Elastic Band)在反应的初始和最终状态之间进行插值,并使用双轻推弹性带方法(Trygubenko and Wales, 2004)优化整个反应路径,无需进一步优化过渡态。可用该方法研究势垒较小的反应,获得能量变化的粗略初步概况,或研究无势垒反应...
关闭DMol3 Electronic Options对话框,然后选择DMol3 Calculation对话框的Setup选项卡。 点击More...打开DMol3 Minimum Energy Path对话框。 DMol3最小能量路径计算任务的原理与DFTB+中的名称一致的任务相同。主要区别在于,输入数据的能量单位为Ha。单位将转换为kcal/mol,即FlexTS模块内部和Materials Studio通常使用的单位。
介绍：FlexTS模块工作模式介绍，通过系谱聚类法研究分子开关萘酞菁的互变异构反应势垒。首先使用Materials Studio中的DFTB+模块搜索整个反应路径，表明互变异构反应中有两个独立等效步骤。然后使用DMol3模块精确确定其中一个势垒的过渡态结构，并得到整个开关的能量分布。内容包括：启动Materials Studio，创建新项目...
1、开始 首先启动Materials Studio并创建一个新项目。打开New Project对话框，输入项目名MEP，单击OK按钮。新项目将以MEP为项目名显示于Project Explorer中。2、建立计算所需的分子构型 在本教程的这一部分中，将在两个不同的3D原子结构文档中构建反应物和生成物的结构。第一步是打开一个新的3D原子结构...
利用DMol3模块进行过渡态优化 注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。 1、开始 首先启动Materials Studio并创建一个新项目。 打开New Project对话框,输入项目名MEP,单击OK按钮。 新项目将以MEP为项目名显示于Project Explorer中。
利用DMol3模块进行过渡态优化 注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。 1、开始 首先启动Materials Studio并创建一个新项目。 打开New Project对话框,输入项目名MEP,单击OK按钮。 新项目将以MEP为项目名显示于Project Explorer中。
Materials Studio官方教程:DMol3——能量最低反应路径的计算【2】 4、利用DMol3模块进行过渡态优化 打开数据表naphthalocyanine DFTB+ Minimum Energy Path\naphthalocyanine Results.std,双击Connected Path表单第一行中的结构文档。 该收集文件包含所有可作为DMol3最小能量路径计算起点的相关信息,可以根据指定的反应物和生成...