conda install -c bioconda fastqc 6. Trimmomatic: 用于对测序数据进行质量控制和去除低质量序列,可以通过conda安装: conda install -c bioconda trimmomatic 7. HISAT2: 用于将 RNA-seq 数据比对到基因组上,可以通过conda安装: conda install -c bioconda hisat2 8. StringTie: 用于进行转录本组装和定量分析,可...
macOS and Linux. Conda quickly installs, runs and updates packages and their dependencies. Conda easily creates, saves, loads and switches between environments on your local computer. It was created for Python programs, but it can package and distribute software for any language....
除了conda，还有几种常见的软件安装方法。首先，二进制文件安装，这种方法相对简单，只需解压并运行二进制文件即可。其次是源代码安装，这需要编译源代码以生成可执行文件。此外，还有一些软件通过 Java 编译，这类软件的安装方式也有所不同。在选择安装方式时，可以参考文件的帮助文档或相关资源，如文献、网页或 GitHub...
#添加中科大镜像源命令:conda config--add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config--add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config--add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config--add channels y #添加阿里镜像...
conda install -c bioconda fastqc 6. Trimmomatic: 用于对测序数据进行质量控制和去除低质量序列,可以通过conda安装: conda install -c bioconda trimmomatic 7. HISAT2: 用于将 RNA-seq 数据比对到基因组上,可以通过conda安装: conda install -c bioconda hisat2 ...
conda install -y -c bioconda fastqc hisat2 samtools sambamba bedtools deeptools htseq gatk4 bwa star cutadapt trim-galore pip3 install multiqc pip install macs3 pip install --user RGT ``` 切换到python2.7环境,并安装bowtie2:```bash
1.conda查找软件资源:conda search 软件名 2.根据软件名和版本号安装软件,如果不设定版本号则默认安装最新版本 conda install 软件名=版本号 3.卸载软件:conda remove 软件名 05. ubuntu中编译安装软件 源码编译安装软件,是最复杂的一种软件安装方式,需要解决将目标软件的所有依赖包成功安装后,才能安装目标软件,且系...
conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包 conda remove <package name> # 移除软件包 1. 2. 3. 安装R conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet
$ conda install -c bioconda cutadapt 运行格式: $ cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fq -p out.2.fq reads.1.fq reads.2.fq 主要参数: -a 正向接头序列(单端测序时仅有该参数) -A 反向接头序列(双端测序时增加该参数) ...
# 激活环境conda activate rna# 安装 fastqc 软件condainstallfastqc# 调出帮助文档fastqc--help# 可以指定软件版本condainstall-ysamtools=1.14# 可以一次安装多个软件condainstall-ypython=3.7libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galorecutadapt=4hisat2 subread multiqcsamtools=1.16.1salmon=1.4.0 fastp fastqc# mamba install...