LigPlot用于绘制蛋白配体相互作用的睫毛图,比较适合蛋白和蛋白的相互作用绘图,这方面目前可替代的软件很少。 官网LigPlot+ home page 首先获得一个学术许可。 只要填了edu邮箱,就可以立即收到带密码的邮件。 然后下载,得到一个压缩包。 把这个压缩包解压,但是不要解压到C:\Program Files,其他地方都可以。 解压后直...
有操作手册,点击桌面快捷方式可以直接打开,点击cligPlus.bat会存储运行信息,有利于debug。 1),第一次打开,需要配置路径和目录,我就点的默认,后续还可以在软件里添加(Edit->Program paths)。软件说明里着重强调了Temporary directory必需存在,且为可写入状态,否则软件会报错。路径中的'Het Group Dictionary‘需要经常更...
Win: 需要先现在并安装JRE(https://www.oracle.com/java/technologies/)。解压LigPlus.zip到C:\,官方教程提到如果解压到C:\Program Files会造成一些问题。进入C:\LigPlus\LigPlus,双击cLigPlus.bat。注意:如果双击cLigPlus.bat打不开软件的话,可以用cmd或者powershell进入软件安装路径,然后运行java -jar LigPlus.jar...
先申请academic license,之后安装ligplot+,一定安装在C盘,否则dipmlot和antibody plot可能会load不出来。 Edit--> program path里,添加Rasmol和pymol的位置(这两个软件需要提前安装,rasmol是免费的) Sav…
The LIGPLOT program automatically generates schematic 2-D representations of protein-ligand complexes from standard Protein Data Bank file input. The output is a colour, or black-and-white, PostScript file giving a simple and informative representation of the intermolecular interactions and their streng...
通过菜单栏的Edit-Program paths,定义路径以及目录。 3.生成相互作用图 点击菜单栏File-Open-Browse,选择需要进行分析的复合物。此处载入的是一个蛋白-蛋白复合物,选择“DIMPLOT”,如图所示,软件识别出来两条链,也可通过右侧的“Domain 1”和“Domain 2”定义分析区域。 点击“Run”,等待片刻即可生成相互作用图。图...
双击LigPlus.jar文件打开软件，接着在Edit-Program paths菜单下进行必要的路径设置。对于数据分析需求，用户可以点击File-Open-PDB File-Browse选择一个pdb文件进行分析。完成分析后，用户可点击Run按钮获取结果，并将数据导出为ps格式，以便使用Photoshop打开并存储为其他格式。在安装和使用过程中，如遇任何问题...
使用LigPlot+，首先需定义路径及目录，操作路径位于菜单栏的Edit-Program paths选项。接着，通过File-Open-Browse功能载入分析对象，例如蛋白-蛋白复合物，选择“DIMPLOT”，软件将自动识别并展示复合物的结构。生成相互作用图的过程通过点击“Run”按钮完成，图中的水平虚线标记了相互作用界面。为了提升图形...
JAVA安装好后，运行ligplot时总是出现could not find main calss。Program will exit ...
通过菜单栏的Edit-Program paths,定义路径以及目录。 03生成相互作用图 点击菜单栏File-Open-Browse,选择需要进行分析的复合物。此处载入的是一个蛋白-蛋白复合物,选择“DIMPLOT”,如图所示,软件识别出来两条链,也可通过右侧的“Domain 1”和“Domain 2”定义分析区域。 点击“Run”,等待片刻即可生成相互作用图。图...