在CuTe中,make_tiled_copy_A/B函数会自动帮助我们计算列起始地址等信息,我们需要做仅仅是选择合适Copy_Operation,选择Copy_Operation时,需要遵循以下原则:如果输入矩阵在Shared Memory中是Row-Major的,则选择不带trans的ldmatrix指令(Copy_Operation名称的后缀为N),如果输入矩阵在Shared Memory中是Column-Major的,则选择...
install.packages("LDlinkR")#安装LDlinkR包library(LDlinkR)#加载该R包 LDinfo<-LDmatrix(snps=mydata$SNP,pop="EUR",r2d="r2",token='35deec53ae3c',file=FALSE) 这里的参数snps用于指定计算LD的那些SNP,mydata是TwoSampleMR包harmonise后的数据;参数pop是指参考基因组的人种,主要有”AFR”(非洲人), ...
因为您的代码不能运行plink,所以您可以在服务器上下载plink1.9,测试plink以确保其工作,然后将plink_...
# Pass LDheatmap a SnpMatrix object set.seed(1) #make an example matrix of genotypes, coded as 0, 1 2 copies of an index allele gdat<-matrix(rbinom(n=500,size=2,prob=.5),ncol=5) require(snpStats) gdat<-as(gdat,'SnpMatrix') #> object has no names - using numeric order for r...
ld_matrix <- hapmap$ld_matrix LDheatmap(ld_matrix, color = "Blues", cexRow = 0.8, cexCol = 0.8) ``` 这样就可以得到LD热图,其中颜色表示LD的强度,颜色越深表示LD越强。 除了LDheatmap包,我们还可以使用LDcorSV包和LDdecay包来进行LD衰减分析。例如,使用LDcorSV包可以计算位点之间的LD相关性矩阵...
程序包'cholmod_factor_ldetA'不提供'Matrix'这样的函数,这个问题群主解决了吗?
pab <-matrix(0,nlevels(x),nlevels(y)) rownames(pab) <- levels(x) colnames(pab) <- levels(y) if(sum(dim(pab))==4){ pab <- sum(x == rownames(pab)[1] & y == colnames(pab)[1]) / n D <- pab - pa[1] * pb[1] ...
OB*开关阵列PSM提供20种转换方式*将CLB的输出以接力方式传送到芯片任意位置*提供外部封装引脚和内部信息的接口电路*通过编程可以分别组态为输入引脚、输出引脚和双向引脚*可控制速率、降低功耗(Input/OutputBlock)(ProgrammableInterconnect)(ProgrammableSwitchMatrix)1、交作业2、今日作业P1553、P1568、11提问已知一个组合...
尝试按以下方式筛选行和列: matrix[rownames(matrix)%in%list_individuals,colnames(matrix)%in%list_individuals] 只有list_individuals中包含的行和列将被包含在输出中。 请用“+1:”解释退货 这是一个字符串切片: email[email.find("@")+1:] 它的意思是-从@字符之后的第一个索引到字符串末尾,获取email字符...
xm=matrix(x,nobs,n) y=rowMeans(xm) return (y) } par(mfrow=c(5,1),mar = c(3,4,1,1)) #Binomia p=.05 n=100 k=10000 x=i2mean(rbinom(k, n,p)) d=density(x) plot(d,main="Binomial") #Poisson lambda=10 x=i2mean(rpois(k, lambda)) ...