2. CHARMM-GUI建模聚合物分子链; 3. Python生成随机分布的amorphous聚合物初始结构; 4. 聚合物的分子动力学模拟:包括软势,退火,动力学; 5. 采用Python和MDAnalysis对轨迹进行性能分析:包括MSD(和扩散系数有关),拉伸力学性能,和拉伸过程中链取向。 依然免费!入群听课,直播+回放,互动答疑! 11月9日,不见不散!
✅ Python辅助构建模型(原子级别梯度金属)。 性质计算: ✅金属、聚合物、及其复合材料的拉伸、压缩模拟; ✅纳米压痕、冲击计算;热传导计算; ✅聚合物的交联反应; ✅超算批量提交LAMMPS计算任务。 结果分析: ✅径向分布函数(RDF)、概率分布函数(PDF)、 ✅扩散系数、均方位移(MSD); ✅位错分析、表面张力...
2. CHARMM-GUI建模聚合物分子链; 3. Python生成随机分布的amorphous聚合物初始结构; 4. 聚合物的分子动力学模拟:包括软势,退火,动力学; 5. 采用Python和MDAnalysis对轨迹进行性能分析:包括MSD(和扩散系数有关),拉伸力学性能,和拉伸过程中链取向。 依然免费!入群听课,直播+回放,互动答疑! 11月9日,不见不散!
程序使用方法:复制一下代码,保存为msd.py文件,和dump.xyz保存到一个文件夹中,使用命令行进入该文件夹,输入命令: pythonmsd.py 程序运行结束,会自动生成msd_data.txt文件 对应的python代码为: #导入需要的各种模块fromovito.ioimportimport_file,export_filefromovito.modifiersimportCalculateDisplacementsModifierimportnum...
5. 采用Python和MDAnalysis对轨迹进行性能分析:包括MSD(和扩散系数有关),拉伸力学性能,和拉伸过程中链取向。 分子动力学软件中,LAMMPS大尺度原子/分子并行模拟工具,是名副其实的全能巨无霸,能够实现对百万级原子分子体系的计算。 LAMMPS应用范围极广,可以对气态、固态、液态进行分子动力学模拟,可调用多种势函数/力场,...
MSD = 1/NΣ(r(t+τ) - r(t))^2 其中,r(t)和r(t+τ)分别是时间t和t+τ时原子的位置,N是总的步数,τ是时间间隔。 在Python中```,你可以使用numpy库来计算MSD。以下是一个简单的例子: 首先,你需要确保你的LAMMPS输入脚本中包含了`thermo`命令,并且设置了合适的输出频率。例如: lz press pxx pyy...
一、前言均方位移(Mean Square Displament,MSD)在扩散的研究中具备重要的参考意义。通过对均方位移求时间的一阶导数,可以得到相应的扩散系数,均方位移是描述一组粒子在不停地移动过程… 阅读全文 赞同 21 2 条评论 分享 收藏 LAMMPS:原子沉积模拟案例(系综使用讲解) ...
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在上述脚本中,我们创建了一个包含水分子(使用SPC/E模型)的模拟盒子,设置了力场参数,进行了能量最小化,初始化了原子速度,控制了温度,并计算了均方位移(MSD)。MSD数据将被输出到msd.dat文件中,随后可以使用数据分析工具(如Python脚本或Excel)对MSD数据进行线性拟合,从而计算扩散系数。 希望这个指南能帮助你使用LAMMPS...