KnockTF是人的全面基因表达谱TF击倒/基因敲除数据库,它提供了大量与转录因子敲降/敲除相关的人类基因表达谱数据集、转录因子及其靶基因的注释信息、转录因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,以及转录因子绑定到靶基因启动子、增强子和超级增强子的详细绑定信息。 KnockTF http://www.licpathway.net/KnockTF/ 接...
KnockTF:转录因子敲除数据库(一) KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php)数据库就是基于这个目的构建的数据库。这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱(芯片、二代测序)的数据,进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。 这个数据库主要提供了4个功能:浏览功能、检索...
进入KnockTF 2.0数据库主页(http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html)。主页对大家的到来表示欢迎,并对KnockTF 2.0数据库进行了简介,该数据库是T(co)F,即转录因子与转录辅助因子敲降/敲除的基因表达谱数据库,包含上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,同时可提供靶基因表观遗传/遗传注释,具体介绍可见我们...
一、数据库概览 进入KnockTF主页(http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html),同样先看一下数据库介绍,该数据库是基于TF knockdown/knockout相关的人类基因表达谱数据,提供感兴趣TFs靶基因表达信息、TFs上游通路信息、下游靶基因功能注...
昨天我们介绍了这个数据库的其中一部分功能KnockTF:转录因子敲除数据库(一),今天把这个数据库的其它功能介绍完。 检索功能 这个功能提供了四个选项可以让我们进行检索:基于转录因子、基于目标基因、基于敲除手法、基于组织类型。转录因子检索的结果和我们上述浏览的差不多,所以这里我们就基于目标基因检索来介绍一下。
KnockTF数据库是一个全面的人类转录因子敲降/敲除的基因表达谱数据库。转录因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人类疾病和生物学过程中起重要作用,转录因子敲降/敲除前后的基因表达谱分析是获得转录因子靶基因、探索转录因子功能的最重要策略之一。
今天介绍一个转录因子相关的数据库KnockTF,它提供了大量将转录因子(TF)敲出/低的人类表达谱数据集,以及转录因子的其他注释信息,包括靶基因、肿瘤组织中的表达量,功能富集分析等。 KnockTF 包括308个转录因子相关的570个手动整理的RNA-seq和微阵列数据集,这些TF被敲出/低,并且跨越多种组织/细胞类型,...
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KnockTF是人的全面基因表达谱TF击倒/基因敲除数据库,它提供了大量与转录因子敲降/敲除相关的人类基因表达谱数据集、转录因子及其靶基因的注释信息、转录因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,以及转录因子绑定到靶基因启动子、增强子和超级增强子的详细绑定信息。
进入KnockTF 2.0数据库主页(http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html)。主页对大家的到来表示欢迎,并对KnockTF 2.0数据库进行了简介,该数据库是T(co)F,即转录因子与转录辅助因子敲降/敲除的基因表达谱数据库,包含上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,同时可提供靶基因表观遗传/遗传注释,具体介绍可见我们...