-m ...*Hn:具有n个类别和未链接参数的Heterotachy模型 --alpha-min NUM:位点速率的Gamma形状参数的最小值(默认:0.02) --gamma-median:对于+G位点速率使用中位数近似(默认:均值) --rate:将经验贝叶斯位点速率写入.rate文件 --mlrate:将最大似然位点速率写入.mlrate文件 ...
iqtree[-sALIGNMENT][-pPARTITION][-mMODEL][-tTREE]...-s:序列比对文件(支持多个文件逗号隔开,或者包含比对文件的文件夹),可选PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF--seqtype:序列类型,可选BIN、DNA、AA、NT2AA、CODON、MORPH默认为自动检测-o:外类群列表,不同物种之间逗号隔开--prefix:结果文件名前缀--seed...
一般来说是要先计算最适模型,然后选择ML建树,把参数设置成自己的最适模型,之前有参照这个教程:zhihu.com/question/3488 ML法建树选择了iqtree软件 二、iqtree建立系统发育树——ML法 iqtree也是一款免费软件,常用于构建进化树,官网下载地址如下:iqtree.org/ 下载好后解压,打开对应文件夹,很好,然后,然后,然后,打...
2. iqtree命令中各个参数的含义 -s:指定输入文件,即包含序列比对的文件,可以是PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF等格式。 -m:指定使用的模型,如MFP(自动选择最佳模型并建树),MF(自动选择最佳模型但不建树),或者具体的模型名称(如GTR)。 -T:指定使用的CPU核心数,可以设置为具体数字或AUTO以自动检测可用的核心数...
iqtree -s PtbZIP_AtbZIP_F.fasta -alrt 1000 -bb 1000 -nt AUTO 我这个示例,17条序列,自己笔记本跑了5分钟,等它出来这个界面就是完成了。 8,回到bin文件夹,看到多出很多文件,我们只要一个contree的文件,这个文件是用notepad打开后就是一行,这种称为nwk格式。
在使用MEGA7.0构建进化树前，需导入经过mafft软件对比后的FASTA格式序列文件。导入序列后，选择Phylogeny菜单下的NJ选项，进行参数设置，如Bootstrap方法计算，点击开始运行。MEGA将展示进度条，待完成后，可对进化树进行调整，如形状调整等。构建进化树时，通常需选择外类群，若外类群间关系过于紧密导致难以...
基于IQTREE构建进化树的步骤如下：准备多序列比对结果：构建进化树的基础是多序列比对。首先，需要获取不同物种的DNA或蛋白质序列，并使用适当的比对工具进行比对。运行IQTREE：将比对后的序列文件作为输入，运行IQTREE软件。IQTREE会自动进行模型检测，以确定最适合当前数据集的DNA或氨基酸置换模型。选择模型...
所以我们加上个 SH-aLRT这个参数应该就可以了 iqtree -s example.phy -m MFP -B 1000 -alrt 1000 -T 2 # -B 和 -alrt可以同时使用 # 结果和值在 treefile会写 对于结果,IQ-TREE建议 SH-aLRT >= 80% 和UFboot >= 95% 才比较可信。
IQtree是利用最大似然法构建系统发生树的软件,具有高效建树、模型选择、超快自展、大型数据等特点,适用于大数据的系统发育分析。该软件提供Windows(64/32位)、Limux(64/32位)和Mac版本。iqtree也是一款免费软件,官网下载地址如下:iqtree.org 首先在NCBI下载用于建树的序列,把这些序列放到同一个fasta文件里,每条序列的...