使用的时候,将主程序uphyloplot2.py和文件夹Inputs放在一起,上面提到.cell_groupings文件放到Inputs文件夹里面。 # #命令行运行 # less -S ./try2/17_HMM_predHMMi6.rand_trees.hmm_mode-subclusters.cell_groupings | grep "references" -v | less -S > ./uphyloplot2-2.3/Inputs/test.cell_groupi...
UPhyloplot2画图 这个小软件其实很简单，两百行代码，只有一个功能就是画图，里面唯一的分析就是计算一下各种CNV cluster的比例，小于5%的cluster不画。链接在：github.com/harbourlab/u...使用的时候，将主程序uphyloplot2.py和文件夹Inputs放在一起，上面提到.cell_groupings文件放到Inputs文件夹里面。
https://github.com/harbourlab/UPhyloplot2/ https://www.nature.com/articles/s41467-019-14256-1 分析示例代码如下: Rscript$scripts/infercnv.r -i /work/data/BCC_GSE123813.qs \-r"T_cells"--annotations_file cellanno_selected.tsv --gene_location hg38_gencode_v27.txt \--cpu 20 --hmm -...
链接在:https://github.com/harbourlab/uphyloplot2 使用的时候,将主程序uphyloplot2.py和文件夹Inputs放在一起,上面提到.cell_groupings文件放到Inputs文件夹里面。 # #命令行运行# less -S ./try2/17_HMM_predHMMi6.rand_trees.hmm_mode-subclusters.cell_groupings | grep "references" -v | less -...