htslib安装和使用 本文作者:Sunny-King 发布时间:2022-11-30 22:09:47 星期三 本文链接:https://www.cnblogs.com/Sunny-King/p/Bioinformatics-htslib.html 最近工作中遇到了基于htslib实现所需功能,发现官方的文档描述很模糊,只能去看代码及注释。并且网上给出的例子大多模糊不清,并且有Bug,不能准确编译执行。
C++使用htslib库读入和写出bam文件 有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools、bcftools的核心库。 #include<stdio.h>...
高通量数据BAM格式分析包HTSlib使用方法 【摘要】 首先安装依赖的包wget tar -zxvf xz-5.2.4.tar.gzcd xz-5.2.4./configuremake && make installwget ftp://ftp.invisible-island.net/ncurses/ncurses-6.0.tar.gztar -zxvf ncurses-6.0.tar.gzcd ncurses-6.0./configurem... 首先安装依赖的包 wget https:/...
需要掌握每一列的信息，并能使用相对应的软件对 vcf 进行处理。处理 VCF 格式软件主要包括 bcftools，vc...
问无法使用conda安装htslib v1.12EN指令OP引用来自Anaconda Cloud，它是通用的，缺少使用专门通道通常需要...
C++ 中可以读写BAM 的库有 htslib 、bamtools、Seqan3 等。Seqan3的文档信息比较全,但是我使用文档中的测试案例发现,速度很慢(也许是我打开方式有问题?);bamtools 和 htslib 的效率挺好的,但是都缺乏详细的文档,用起来真的头大。 本文,粗略的学习了htslib sam.h sam.c 部分的代码,以及参考了陈师傅的gencore ...
有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools、bcftools的核心库。
有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools、bcftools的核心库。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio ...
需要掌握每一列的信息，并能使用相对应的软件对 vcf 进行处理。处理 VCF 格式软件主要包括 bcftools，...
C++使用htslib库读入和写出bam文件 有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools、bcftools的核心库。