htseq-count [options] <alignment_file> <gtf_file> # 安装 conda install htseq # 利用htseq-count对sort之后的bam文件进行reads计数 htseq-count-r pos-f bam/home/cenhui2018/QWJ/sequence_data/20191030_NGS_DATA/19R577_paired.hisat2_sorted.bam/home/cenhui2018/QWJ/sequence_data/genome/Anotation/...
RSeQC(依赖于Python2.7的一个软件,利用conda创建新环境) Qualimap:对二代数据进行质控的综合软件 Picard:综合质控学习软件。 这里我用的是RSeQC。 先安装RSeQC: $ sudo -H pip install RSeQC $ bam_stat.py -i SRR957677_sorted.bam Load BAM file ... Done #=== #All numbers are READ count #=== T...
和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发,集成在HTseq这个包中。 对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 代码语言:javascript 复制 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 htseq-count的...
而免比对的定量软件kallisto和salmon不会生成sam或bam文件而直接进行定量,仅输出定量文件。以上软件都可以使用Conda安装[3]。 二、处理工具 (一)质量检测软件 用法:fastqc[-o output dir][--(no)extract][-f fastq|bam|sam]例如:fastqc01raw_data/sample1_1_R1.fastq.gz或者fastqc01raw_data/* [-f fastq|...