hmmer从官网下载最新版:http://www.hmmer.org/ 通过filezilla上传到linux系统中。 用mv命令将其放置在固定位置,我一般是~/app gz文件用gunzip解压,tar文件用tar -xf 命令解压 cd hmmer-3.3.2 ./configure make make check 完成安装 接下来需要修改调用命令,使得在任何地方都能调用hmmer软件。 笔者... 查看原文...
从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及。 hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: % wget ftp://selab.janelia.org/pu...
先简单说一下HMMER安装过程吧。 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度,但其应用远没有blast普及。 下载官网 http://hmmer.org/ 下载后tar -zxvf 解压, cd ./configure --prefix=/pu...
而且通过源码安装,可以同时方便的同时安装 HMMER 2 版本和 HMMER 3 版本,这样就可以使用一些 HMMER 3 不具有的,而 HMMER 2 具有的功能。源码安装具体步骤如下: 下载源码安装压缩包 首先,通过weget 命令行在eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.3.2.tar.gz路径获得,随后解压缩并通过cd命令进入解压后的 hmmer-3.3...
最近几天需要集中安装软件,尤其是不需要conda安装的,存在依赖的软件,尽量的自己去配置环境变量,针对个别在安装时报错的软件,简单记录一下,等过段时间有了数据后,会再具体的写一些这些软件的具体使用方法,结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。 从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的...
HMMer在Windows环境下的安装 遇到的困难 官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接 下载链接404 解决 方案1 方案2 遇到的困难 刚刚入门生信,想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统,但是日常用的系统还是Windows(移动硬盘带Ubuntu还是有点二的),因此想在Windows下安装HMMer。然而: 官网www.hmm...
window上安装harbor windows安装hmmer软件 HMMer在Windows环境下的安装 遇到的困难 官网www.hmmer.org上没有Windows版的下载链接 下载链接404 解决 方案1 方案2 遇到的困难 刚刚入门生信,想要学着用HMMer工作。尽管在下在移动硬盘里装好了Ubuntu系统,但是日常用的系统还是Windows(移动硬盘带Ubuntu还是有点二的),因此想...
HMMER,从软件名字来看就知道其实用的隐式马可夫模型来做分析的,具体是用于分析生物序列。虽然他也可以当做Blast的替代工具(…并不能提高效率,但能提高敏感度),但我认为,其最大的优点在于他可以基于序列模式进行检索。序列模式,一般是可从保守的序列区域构建,如某个蛋白的结构域,或者某个转录因子的结合位点。其中蛋白...
在Ubuntu 24.04 LTS上安装HMMER(Hidden Markov Model ER),你可以按照以下步骤进行操作。HMMER是一款用于搜索和分析生物序列数据库中隐藏马尔可夫模型的工具,广泛应用于生物信息学领域。 1. 检查Ubuntu 24.04 LTS的系统要求和HMMER的兼容性 Ubuntu 24.04 LTS通常满足HMMER的基本系统要求,但最好检查HMMER的官方文档或发布说...
HMMER windows 下需要在命令提示符（cmd）下运行 首先按“win+R”，然后在出来的运行窗口输入“cmd”并...