hifiasm 的HIC 模式可以分出两套hap1和hap2,而且质量较高,当然如果没有父母本的二代测序,仅用HIC mode分单倍型,在某些区域是有可能由于物种杂合度过低而分不出来的,我用同一套参数组装挂载了两个物种,其中杂合度高的物种分单倍型hap的效果非常好,但另一个杂合度低的物种在调图时遇到了这样的情况 我是将两套...
这个模式组装后的基因组还未挂载在染色体上,仍然需要Juicer+3ddna+juicebox等软件进行染色体挂载。 这个模式的数据最易获得,所以也很常用。 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 HiC_1.fq.gz --h2 ample_HiC_2.fq.gz Hifi.fq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 参数 用--h1和--h2指定Hi-C数据。
如果有父本数据,则应始终优先选择在“trio-binning 模式”下生成的dip.hap.p_ctg.gfa。否则,如果有Hi-C数据,则以在Hi-C模式下生成的hic.hap.p_ctg.gfa为最佳选择。trio-binning 模式和Hi-C模式都会生成完全分型的组装结果。 如果您只有HiFi read,则hifiasm默认输出bp.hap.p_ctg.gfa。通过使用--primary可以...
hifiasm -o HG002.asm --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz HG002-HiFi.fq.gz -h1 HiC一端的数据 -h2 HiC另一端的数据 在这个模式下输出的文件以前缀.hic.后缀的形式输出 #同样的,用awk进行格式的转换 awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'prefix.hic.p_ctg.gfa>prefix.hic.p_ctg.fa2>2.log...
这个模式组装后的基因组还未挂载在染色体上,仍然需要Juicer+3ddna+juicebox等软件进行染色体挂载。 这个模式的数据最易获得,所以也很常用。 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 HiC_1.fq.gz --h2 ample_HiC_2.fq.gz Hifi.fq.gz 2>&1 > hifiasm.log & ...
(约2800字)1. Hifiasm基本用法1.1. 安装Hifiasmgit安装 {代码...} conda安装conda install -c bioconda hifiasm1.2. Hifiasm的基础命令命令nohup hifiasm -...
假如有 HiC 数据 结果类似。phased的效果会好很多。 对于三重组装,hifiasm会生成以下文件: prefix.r_utg.gfa(Haplotype-resolved raw unitig graph in GFA format):保存了所有的单倍型信息。 prefix.hap1.p_ctg.gfa(Phased paternal/haplotype1 contig graph):保留了阶段性父系/单倍型1组装。
prefix.hic.a_ctg.gfa:可选(alternate)contigs的组装图。(--primary参数下生成) HiFi only模式才会输出的文件 prefix.bp.p_ctg.gfa:primary contigs的组装图。 prefix.bp.hap1.p_ctg.gfa:单倍型1的部分分型的contig图。 prefix.bp.hap2.p_ctg.gfa:单倍型2的部分分型的contig图。
在该模式下,每个contig要么是来自于父亲,要么是来自于母亲。hifiasm会将同一来源的contig放在同一个组装中。需要注意的是,hifiasm未必能够处理好着丝粒附近的区域,另外hifiasm中Hi-C也不会用于进行scaffold。 输出结果中,我们重点关注其中名字带hic的文件 prefix.hic.p_ctg.gfa: 主要contig的组装图 ...
这个模式组装后的基因组还未挂载在染色体上,仍然需要Juicer+3ddna+juicebox等软件进行染色体挂载。 这个模式的数据最易获得,所以也很常用。 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 HiC_1.fq.gz --h2 ample_HiC_2.fq.gz Hifi.fq.gz 2>&1 > hifiasm.log & ...