hifiasm下载地址 截止今天为止,hifiasm官网更到0.19.3版本(五天前更新!!!):https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases 2022.11.18号:Hifiasm-0.16.1 (r375)升级到Hifiasm-0.17.4 (r455) beta,截止今天(2023.3.22)升级到Hifiasm-0.19.3-r572;更新2023.4.21升级到Hifiasm-0.19.5-r578,这半年期间保持高频率...
1.软件及测试数据下载 Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wgethttps://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;...
Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序...
1.软件及测试数据下载 Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式:2.1.只有HiFi数据(基本)模式;2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2...
欢迎关注！动动您发财的小手点个赞吧！欢迎转发！Source:https://github.com/Jwindler/PlotHiC ...
git clone https://github.com/lh3/yak cd yak && make # bioncda conda install -c bioconda yak # 运行组装 yak count -b37 -t16 -o pat.yak <(cat paternal_1.fq.gz paternal_2.fq.gz) <(cat paternal_1.fq.gz paternal_2.fq.gz) ...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 复制 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装...
Hifiasm-meta的源代码可在 https://github.com/xfengnefx/hifiasm-meta 获得。 参考文献 Feng, X., Cheng, H., Portik, D. et al. Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta. Nat Methods 19, 671–674 (2022). https:///10.1038/s41592-022-01478-3 ...