1.从安装开始说起 # Install hifiasm (requiring g++ and zlib) git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm && make 记得添加环境变量就可以直接调用了。 2.使用(有多种模式可选择,提供三种常用模式) 1)在只有PicBio HiFi数据的情况下,也是最简单的 # Assemble inbred/homozygous genomes (-...
1. Hifiasm基本用法 1.1. 安装Hifiasm git安装 git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda安装 conda install -c bioconda hifiasm 1.2. Hifiasm的基础命令 命令 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 32 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz...
1.下载安装 cd ~/software/hifiasm git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm && make #或者 conda install -c bioconda hifiasm 参数: https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/parameter-reference.html#parameter-referencehifiasm.readthedocs.io/en/latest/parameter-reference.html#param...
一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make 二、测试 wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz ./hifiasm -otest-t4 -f0 chr11-2M.fa.gz 2> test.log awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'test.bp.p_ctg.gfa > test.p...
GitHub地址:https://github.com/chhylp123/hifiasm 官方教程:https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html 洲更学长的笔记:https://xuzhougeng.top/archives/assemble-hifi-pacbio-with-hifiasm 软件安装 hifiasm的安装也非常简单,conda一条命令就可以了 ...
安装 # 安装hifiasm(需要有g++和zlib)git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm&&make # 用conda安装 conda install-c bioconda hifiasm # 直接使用集群module module load hifiasm/0.19.9#用测试数据运行(用-f0来处理较小的数据集)wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/downloa...
# trio-binning模式需要额外安装yak,两种安装方式任选一种 # source code git clone https://github.com/lh3/yak cd yak && make # bioncda conda install -c bioconda yak # 运行组装 yak count -b37 -t16 -o pat.yak <(cat paternal_1.fq.gz paternal_2.fq.gz) <(cat paternal_1.fq.gz paternal...
手动安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 ...
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手动安装 代码语言:javascript 复制 git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 复制 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4...