大多数的情况下,用默认的参数就是足够了的。 参考连接 https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html https://github.com/chhylp123/hifiasm
Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序...
参考自:https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/blob/master/bin/gfa2fasta.sh(假设命名为gfa2fasta.sh) #!/usr/bin/env bash if [ -z $1 ]; then echo "Usage: $0 <gfa file> > <fasta file>" exit $E_BADARGS fi awk -v id=$1 '/^S/{print ">"id"_"$2"\n"$3}' $1 运行: ...
Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wgethttps://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的...
参考自:https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/blob/master/bin/gfa2fasta.sh(假设命名为gfa2fasta.sh) #!/usr/bin/env bash if[ -z$1];then echo"Usage:$0<gfa file> > <fasta file>" exit$E_BADARGS fi awk -v id=$1'/^S/{print ">"id"_"$2"\n"$3}'$1 ...
wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式:2.1.只有HiFi数据(基本)模式;2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的Trio-binning模式。 2.1# Run on test data,基本模式, ...
gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifisam && make conda(推荐) conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only ...
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifisam && make conda(推荐) 代码语言:javascript 复制 conda install -c bioconda hifiasm Usages Notes no need polish 无需合并多个输入文件 绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4 HiFi only 无需额外的数据类型组装...
Hifiasm-meta的源代码可在 https://github.com/xfengnefx/hifiasm-meta 获得。 参考文献 Feng, X., Cheng, H., Portik, D. et al. Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta. Nat Methods 19, 671–674 (2022). https:///10.1038/s41592-022-01478-3 ...
参考自:https://github.com/linsalrob/EdwardsLab/blob/master/bin/gfa2fasta.sh (假设命名为gfa2fasta.sh) #!/usr/bin/env bash if [ -z $1 ]; then echo "Usage: $0 <gfa file> > <fasta file>" exit $E_BADARGS fi awk -v id=$1 '/^S/{print ">"id"_"$2"\n"$3}' $1 ...