1.下载安装 cd ~/software/hifiasm git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm && make #或者 conda install -c bioconda hifiasm 参数: https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/parameter-reference.html#parameter-referencehifiasm.readthedocs.io/en/latest/parameter-reference.html#param...
1.软件及测试数据下载 Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式...
1.软件及测试数据下载 Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wgethttps://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式: 2.1.只有HiFi数据(基本)模式; 2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;...
Github链接:https://github.com/chhylp123/hifiasm; 下载后make编译; 下载测试数据: wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz 2.运行程序; hifiasm使用时根据已有的数据分为三种模式:2.1.只有HiFi数据(基本)模式;2.2.有Hi-C数据的Hi-C模式;2.3.有双亲二代测序的Tr...
hifiasm下载地址 截止今天为止,hifiasm官网更到0.19.3版本(五天前更新!!!):https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases 2022.11.18号:Hifiasm-0.16.1 (r375)升级到Hifiasm-0.17.4 (r455) beta,截止今天(2023.3.22)升级到Hifiasm-0.19.3-r572;更新2023.4.21升级到Hifiasm-0.19.5-r578,这半年期间保持高频率...
欢迎关注！动动您发财的小手点个赞吧！欢迎转发！Source:https://github.com/Jwindler/PlotHiC ...
克隆/下载 git config --global user.name userName git config --global user.email userEmail 分支10 标签35 chhylp123r50078ef43c2年前 560 次提交 .github/workflows removed clang 4年前 docs 0.16.0 release 3年前 .gitignore remove tmp files ...
Hifiasm-meta的源代码可在 https://github.com/xfengnefx/hifiasm-meta 获得。 参考文献 Feng, X., Cheng, H., Portik, D. et al. Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta. Nat Methods 19, 671–674 (2022). https:///10.1038/s41592-022-01478-3 ...
2.软件下载 git clone https://github.com/xfengnefx/hifiasm-meta.git cd hifiasm-meta make 3.运行 hifiasm_meta -t32 -o asm reads.fq.gz 2>asm.log hifiasm_meta -t32 -S -o asm reads.fq.gz 2>asm.log #数据有冗余或者重叠,纠错时间会增加 ...
hifiasm组装 参考hifiasm网页代码:https://github.com/chhylp123/hifiasm ssh 进入一个登录节点 从subreads 里提取hifi数据 利用ccs软件 ccs m64033_210412_083226.subreads.bam m64033_210412_083226.ccs.bam ccs m64083_210501_064735.subreads.bam m64083_210501_064735.ccs.bam...