(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/build_matrix.cpp; mv build_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o cutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/cutsite_tri...
(python39) [jyu@localhost HiC-Pro-master]$ make configure make -f ./scripts/install/Makefile CONFIG_SYS=./config-install.txt make[1]: 进入目录“/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master” ./scripts/install/install_dependencies.sh -c./config-install.txt -p /usr/local/bin/ -o /usr/local/...
如果用conda建立的依赖环境,这个文件不需要做任何修改,直接makecongfigure就可以了。 如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境,就去修改config-install.txt文件,指定依赖的位置。 我之所以一直报错,就是用conda安装了运行环境,还去修改了config-install.txt文件,结果不行。
1.3 依赖软件的安装 conda install-y samtools bowtie2 R conda install-y pysam bx-python numpy scipy 1.4 下载HiC-Pro软件并安装 从github下载最新版本的HIC-Pro.加载到环境中。 tar-zxvfHiC-Pro-2.11.4.tar.gz//解压cdHiC-Pro-2.11.4//进入目录这时需要修改目录下的config-install.txt。修改命令(vi)的...
HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件,能够直接输出后面可视化需要的矩阵文件和.bed文件,换句话说它就是一个封装的数据处理pipeline。 但安装比较麻烦,需要手动修改config。 HiC-Pro的运作流程: HiC-Pro下载和环境准备: 我还是把环境变量都装在anaconda里了 #HiC-Pro下载 git clone https://github.com/nservant...
很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 但是使用的学员服务器没有配置好,导致我的home目录下面空间不足,所以我挪动了data盘下面的空间,这样就有28T的空间啦。
软件安装：主要是编辑系统文件：PREFIX =/gpfs02/home/jingjing/software/HiC-Pro-master BOWTIE2_PATH =/gpfs01/software/bio/bowtie2-2.2.4 SAMTOOLS_PATH =/gpfs01/software/bio/samtools-1.7 R_PATH =/gpfs02/software/general/R-3.5.0/bin PYTHON_PATH = ~/miniconda2/bin/ CLUSTER_...
1. 可由conda安装 2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 ...
https://github.com/nservant/HiC-Pro (版本2.7.8) (2)安装: 依赖软件还是比较多,分别如下。 bowtie2、g++、sort、samtools(>1.1) Python2 (注释是2,3不支持version >=2.7)、4个Python模块(pysam (>=0.8.3), bx-python(>=0.5.0), numpy(>=1.8.2), scipy(>=0.15.1) ) ...
很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 但是使用的学员服务器没有配置好,导致我的home目录下面空间不足,所以我挪动了data盘下面的空间,这样就有...