Hi-C(High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状...
Hi-C的应用 1.解析全基因组互作模式 2.辅助提升基因组组装 3.构建基因组单体型图谱
在环境样品的宏基因组研究中,Hi-C可以帮助宏基因组contigs聚类得到宏基因组组装基因组(MAG),还能提供质粒/噬菌体等与宿主菌株的关联网络。相较传统宏基因组分析,宏基因组Hi-C(Meta Hi-C)能够进一步补充更详细的菌株和可移动遗传元件/抗性基因的组成概况,在医学上追踪耐药基因转移,在农口中助力解析抗逆性/抗病机制。
Hi-C数据中由于各种原因会导致其在基因组不同位置间存在偏差。因此，在数据处理的最后一步，我们会对互作矩阵进行校正，使数据在基因组上每个位点的覆盖度一致。如图3所示，校正前的矩阵在基因组上的覆盖度存在差异，相比原始矩阵，校正后矩阵的每个点反映了其对应的基因组上两点间的互作概率。通过矩阵的校正，可以降...
解析全基因组互作模式,如启动子和增强子互作 构建三维空间结构模型,如研究基因组三维结构特征:compartment,TAD,loop等 构建全基因组互作图谱 辅助提升基因组组装 构建基因组单体型图谱 二、原理及步骤 1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
分析数据:接下来,使用计算机分析测序数据,确定基因的相对位置和调控关系。 Hi-C技术的具体流程可能会有所不同,根据使用的测序平台和分析软件的不同,可能需要进行一些额外的步骤。 制备Hi-C文库 1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min...
借助Hi-C解析的高分辨率染色体3D结构,加深了对细胞发育和疾病发生的理解。 对小鼠早期胚胎的研究发现,受精后染色质呈现出一种明显松散的状态,DNA片段间相互作用较弱;8细胞期前,父本和母本染色体互相分离,占据自身的染色体域;胚胎植入前,逐渐形成高度有序的3D结构;3D结构的...
Hi-C技术应用以来,在医学方向,已经在癌症、遗传病、X染色体沉默等多个研究领域频现硕果,解析了乳腺癌、前列腺癌、结直肠癌、手指畸形等多种疾病的致病机理。近期,Hi-C技术在解释心力衰竭致病机理上又有了新的发现,8月11日发表在Circulation上的文章High Resolution Mapping of Chromatin Conformation in Cardiac Myocyt...