一、介绍 Hi-C技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 白墨:一文读懂三维基因组(图文详解)331 赞同 · 15 评论文章 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin ) 解析全基因组互作模...
1、C技术 3C(一对一) 4C(一对多) 5C(多对多) Hi-C(全部互作) 2、基于免疫沉淀技术 ChIP-loop ChIA-PET 四、总结 一、介绍 Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组...
此外,本文返回到病人样本,短指、多指、并指病人成纤维细胞4C-seq结果与小鼠手指4C-seq和人Hi-C结果高度相似,在病人细胞系中已破坏的TAD导致相互作用异常。 图9 染色体变异引起染色体三维结构变化 TAD边界改变导致远程调控元件和目的基因相互作用发生变化 结合已有的ChIP-seq数据发现,边界发生变化的TAD中含有重要的增强子...
研究人员将染色质拓扑图与视网膜基因和调节元件的数据集进行整合分析。结果显示,随着时间的推移,人类视网膜染色质内部相互作用的动态图像,包括基因活动热点和与DNA其他区域有着不同程度的绝缘。 图1. 高分辨率Hi-C技术识别人类视网膜染色质...
研究结果以题为Comparative 3D genome architecture in vertebrates发表在国际权威期刊BMC Biology上,首次揭示了染色质构象不同结构单元在进化过程中的保守性及其相关功能。 该研究对来自于12种脊椎动物(图1)的31个成纤维细胞系进行了基于高通量染色质构象捕获...
文献解读|使用hi-C数据辅助埃及伊蚊基因组的组装 scaffold, 进行merge。 应用该算法结合hi-c数据对埃及伊蚊的基因组结果重新组装后,效果如下所示 可以看到,由最初的草图组装到了最终的染色体级别。该算法对任意的基因组组装都是适用的,值得一提的是该文章.../content/356/6333/92/tab-pdf 在该文章提供的分析思路...
Hi-C:HiSeq 2000 PE100 3. 研究思路 图2 文章研究思路 4.研究结果展示 (1)1M分辨率下人乳腺上皮细胞系MCF-10A和乳腺癌细胞系MCF-7在染色体互作上的差异 通过染色体相互作用热图比较,肉眼是很难寻找二者的差异,或者说观察到的差异不明显,本文采取“减法”算法,巧妙地将两个细胞系的互作热图整合到一张图中,结...
研究人员将染色质拓扑图与视网膜基因和调节元件的数据集进行整合分析。结果显示,随着时间的推移,人类视网膜染色质内部相互作用的动态图像,包括基因活动热点和与DNA其他区域有着不同程度的绝缘。 图1. 高分辨率Hi-C技术识别人类视网膜染色质结构,来源:Nature Communications...
研究结果以题为Comparative 3D genome architecture in vertebrates发表在国际权威期刊BMC Biology上,首次揭示了染色质构象不同结构单元在进化过程中的保守性及其相关功能。 该研究对来自于12种脊椎动物(图1)的31个成纤维细胞系进行了基于高通量染色质构象捕获 (Hi-C) 数据的比较三维基因组分析,包括两个代表性的哺乳...
图3单条染色体上A/Bcompartments的分布蓝色点是A/Bcompartments的分界点,结果显示A/Bcompartments具有明显分界,Acompartments独立占据在一个局域,而Bcompartments占据在另外一个区域。Loopscalling鉴定(Fit-Hi—C和Homer软件)图4Loop在染色体座位的连线图A/BCompartmen比较分析(loess拟合计算理论互作强度与主成分分析(PCA)...