染色体构象捕获碳拷贝(Chromosome conformation capture carbon copy,5C) ,可以检测某段区域内所有的互作,但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。 Hi-C(全部互作) 高通量基因组捕获技术,基本解决了上述技术的缺点,可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。 2、基于免疫沉淀技术 Ch...
因此,测序产生的Hi-C互作数据存在较高的假阳性率,正确筛选出包含有效信息的Hi-C数据是确保后续分析结果准确性和可靠性的关键。 我们可以进一步将Hi-C测序数据中双端数据均能唯一比对到基因组草图上的数据,分为有效Hi-C数据(Valid Interaction Pairs)和无效Hi-C数据(Invalid Interaction Pairs)。只有当两个reads能够...
二、技术流程 1、用甲醛对细胞进行固定,使DNA与蛋白,蛋白与蛋白之间进行交联; 2、进行酶切(如Hind III等限制性内切酶),使交联两侧产生粘性末端; 3、末端修复,引入生物素标记,连接; 4、解交联,使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分开,提取DNA,打断,捕获带有生物素标记片段,进行建库; 5、测序。 图2. Hi-C实验流程 三、...
将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接处由于是基因组外...
Hi-C测序的原理可以分为以下几个步骤: 1. 交联,首先,细胞核内的染色体被交联,使得靠近的染色体区域之间形成物理上的连接。这一步骤通常使用一个交联剂(一般是甲醛)来进行。 2. 切割,交联后的染色体被切割成小片段,通常使用一种限制性内切酶(如HindIII)来切割染色体。这些酶切位点通常位于基因组中的特定位置,从而...
Hi-C文库制备流程主要包括甲醛交联、细胞裂解、内切酶酶切、末端修复及生物素标记、片段连接、捕获带生物素标记的片段、文库质检等步骤。Hi-C文库质量受多种因素影响,如细胞裂解剧烈程度、细胞裂解期间的蛋白酶抑制剂含量等,Hi-C文库质量直接影响后续的有效数据产出。
文章目录 一、介绍 二、原理及步骤 三、三维基因组检测技术比较 1、C技术 3C(一对一) 4C(一对多) 5C(多对多) Hi-C(全部互作) 2、基于免疫沉淀技术 ChIP-loop ChIA-PET 四、总结 一、介绍 Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 ...
首先，对HiFi、Hi-C和DNB数据进行质量评估，移除低质量数据，保留高质量数据以提高后续分析的准确性。
Hi-C的优势在于其结合了二代测序,这势必也使得其数据分析相对复杂了。目前比较成熟的数据分析流程大致包含6个步骤: (1) 前期raw reads过滤(跟一般二代测序数据处理基本一致) (2) 序列比对。建议采用pair-end测序模式 (3) 定位酶切位点。比对寻找到reads pairs在基因组物理位置之后,通过插入片段大小的限制搜索read...
更重要的是，scNanoHi-C 首次实现了在单个细胞中在全基因组水平对增强子-启动子的高阶直接相互作用的检测，在单个细胞中准确鉴定了高阶基因调控事件，同时能够对复杂的染色体外环形DNA与线性基因组间的高阶相互作用进行精准检测。scNanoHi-C显示了单细胞长读长Hi-C测序技术在分析由高阶染色质三维结构介导的不同...