Heatmap(gdata, clustering_method_columns = "complete",#聚类方法,这是默认方法 cluster_columns = TRUE,show_column_names = F,column_names_rot = 90,调整行列名,隐藏列名 column_km = 3,# 用k-means聚类分区 name = "heat") #命名 Heatmap 4 添加注释 ComplexHeatmap包的Complex之处之一就是可以参加...
scale = "none",treeheight_row = 200,kmeans_k = NA,show_rownames = T, show_colnames = T,main = "Full heatmap (avg, eucl, unsc)",clustering_method = "average",cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE,clustering_distance_rows = drows1, clustering_distance_cols = dcols1) ...
层次聚类的聚类方法与hclust()函数一样,使用clustering_method_rows和clustering_method_columns两个参数来分别指定行列的聚类方法 Heatmap( exp, name = "expression", col = col_fun, clustering_method_rows = "single" ) 或者使用其他包的聚类函数,如cluster包 library(cluster) Heatmap( exp, name = "expres...
clustering_method_columns Method to perform hierarchical clustering, pass tohclust. column_dend_side Should the column dendrogram be put on the top or bottom of the heatmap? column_dend_height height of the column cluster, should be aunitobject. ...
clustering_distance_rows = "euclidean":指定行的聚类距离计算方式为欧几里得距离。 clustering_method = "complete":指定聚类的方法为完整链接法。 main = "Ordered Heatmap":为热图添加标题。 步骤5:优化和展示热图 根据需求,可以调整热图的颜色和其他参数,例如添加行和列的注释。以下代码示例展示了如何自定义热图的...
Heatmap(mat, name = "mat", clustering_method_rows = "single") singleheatmap_29 如果已经有一个聚类对象,则可以忽略距离设置,并将cluster_rows或cluster_columns设置为聚类对象或聚类函数。如果它是一个聚类函数,唯一的参数应该是矩阵,它应该返回一个hclust或dendrogram对象,或者一个可以转换为dendrogram类的对象...
生物信息学中经常使用R 来画图,而R画heatmap的功能是非常强大的。通常,我的习惯是使用gplots包中的heatmap.2函数来进行画图。不过这个函数中不能对聚类分析(clustering)到方法进行调整,于是,小小写一段代码即能使用不同的聚类分析方法来对heatmap进行聚类整合。 1 #
Heatmap(mat, name = "mat", clustering_method_rows = "single") plot of chunk unnamed-chunk-23 2.3.3 自定义聚类树颜色 可以借助dendextend包自定义聚类树的颜色,具体做法如下: 代码语言:text AI代码解释 library(dendextend) 代码语言:txt
clustering_distance_rows="manhattan",clustering_distance_columns="manhattan",clustering_method_rows="ward.D",clustering_method_columns="ward.D") Clustering plotting 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # Make up more groupings
Heatmap(mat, name ="mat", clustering_method_rows ="single") plot of chunk unnamed-chunk-23 2.3.3 自定义聚类树颜色 可以借助dendextend包自定义聚类树的颜色,具体做法如下: library(dendextend) ## ## --- ## Welcome to dendextend